Bioinformatiker

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap är en interdisciplinär miljö där 10 forskningsområden arbetar för att bidra till bättre läkemedel och en friskare värld. Med laboratorier i hjärtat av Uppsala Biomedicinskt Centrum och Sveriges enda Farmaceutiska fakultet utgör vi en vital motor i utvecklingen av utbildning och forskning inom de farmaceutiska vetenskaperna.  Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på uu.se/farmbio.

Beskrivning

Infrastrukturplattformen ”Spatial Biology”, SciLifeLab befinner sig i en stark expansionsfas och satsar på att utveckla avancerade metoder för integrerad analys av biologiska system. Vi rekryterar nu en bioinformatiker med särskild inriktning mot avbildande masspektrometri. Tjänsten är en del av en strategisk förstärkning med ytterligare tre andra bioinformatiker inom plattformen Spatial Biology. Tillsammans kommer ni att bilda ett dataanalysteam som arbetar med att utveckla verktyg och metoder för integrerade multiomikstudier.

Som en del av detta team får du en nyckelroll i att utveckla beräkningsmetoder, analysera komplexa dataset och bidra till integrativa omiksatsningar i nära samarbete med forskare inom olika discipliner. Rollen erbjuder stora möjligheter att påverka både den tekniska utvecklingen och den vetenskapliga inriktningen i ett snabbt växande forskningsfält. Vi söker en motiverad och skicklig bioinformatiker till enheten för Avbildande Masspektrometri. 

Arbetsuppgifter

Arbetsuppgifterna kommer framför allt fokusera på analys, hantering och integrering av spatialt upplöst metabolomik- och proteomikdata som genereras genom avancerad avbildande masspektrometri (MSI).

• Utföra omfattande analyser av komplexa dataset från avbildande masspektrometri (t.ex. MALDI/DESI-MSI) med etablerade beräkningsverktyg.
• Utveckla och implementera nya algoritmer samt visuella analysverktyg för spatial kartläggning av metaboliter, lipider och proteiner. 
• Säkerställa att datahantering följer FAIR-principerna (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), inklusive standardisering av metadata och långsiktigt bevarande av data. 
• Tillhandahålla expertstöd inom bioinformatik i alla steg av projekt inom avbildande masspektrometri – från experimentell design och datainsamling till avancerad multivariat statistisk modellering och biologisk tolkning.
• Bidra till integrativa satsningar inom spatial omik genom att kombinera masspektrometridata med andra spatiala modaliteter (t.ex. transkriptomik, proteomik, histologi och kliniska metadata). 

Kvalifikationer

• Avlagt doktorsexamen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi eller närliggande område eller förvärvat motsvarande vetenskaplig kompetens.
• Goda kunskaper i Python och R, särskilt för dataanalys, visualisering och hantering av högdimensionella bild- och masspektrometridata.
• Erfarenhet av att utforma och underhålla reproducerbara och skalbara analysarbetsflöden.
• Gedigen grund i statistik och maskininlärning tillämpad på omik-data.
• Kännedom om offentliga datastandarder och databaser relevanta för metabolomik/proteomik.
• Stark kommunikativ förmåga på engelska, både skriftligt och muntligt.
• God samarbetsförmåga, med förutsättningar att arbeta effektivt i tvärvetenskapliga forskarteam.

Meriterande

• Praktisk erfarenhet av bearbetning av data från avbildande masspektrometri.
• Kunskap inom vävnadssegmentering, rumslig registrering eller histologibaserad dataanpassning.
• Erfarenhet av högpresterande datorresurser och molnbaserade analysplattformar. 
  
  

Om anställningen 

Anställningen kommer att vara placerad vid institutionen för farmaceutisk biovetenskap, vid Uppsala universitet.

Anställningen är tillsvidare med ev provanställning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse, senast 2026-01-01

Upplysningar om anställningen lämnas av professor Per Andrén e-post per.andren@uu.se  och av universitetslektor Anna Nilsson, e-post anna.m.nilsson@uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 oktober 2025, UFV-PA 2025/2824