Postdoktor inom translationell genomik

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Projektbeskrivning:
Att förstå sambandet mellan genetisk variation och fenotypisk variation är ett grundläggande mål inom genombiologi och genomisk medicin. Under de senaste 15 åren har genombredsstudier (GWAS) identifierat många DNA-regioner som är kopplade till komplexa egenskaper hos människor. 
Översättning till funktionell förståelse ligger efter, delvis eftersom över 95% av de GWAS-identifierade loci hos människor finns i icke-kodande, regulatoriska regioner av genomet, och att identifiera orsaksgen och mekanismer är komplext. I detta projekt syftar vi till att förstå de molekylära mekanismerna bakom arters förmåga att anpassa sig till sin miljö. Sillen är ett utmärkt system för att studera sådana anpassningar. För det första befruktar sillen sina ägg externt, vilket utsätter dem för betydande miljövariation under hela deras livscykel. För det andra finns det cirka 10¹² sill på jorden, vilka parar sig slumpmässigt. Därför bestäms allelfrekvenserna för genvarianter i olika lokalt anpassade subpopulationer av naturligt urval, medan genetiskt brus (genetisk drift) spelar en mycket liten roll. GWAS på sill, utförda vid Leif Anderssons laboratorium i Uppsala universitet, har identifierat över 100 genomiska regioner som styr anpassning till skillnader i salthalt, temperatur, tidpunkt för reproduktion och ljusförhållanden. Till skillnad från hos människor omfattar många associerade DNA-regioner hos sill enskilda basförändringar i protein-kodande sekvenser som tydligt pekar ut sannolika orsakande varianter och gener. Finansierat av Wallenbergstiftelsen och möjliggjort av en ny forskningsinfrastruktur byggd av BalticWaters Foundation, rekryterar vi nu en postdoktor som ska ingå i ett team som strävar efter att avslöja de molekylära mekanismer genom vilka vissa identifierade varianter påverkar arters anpassning. Postdoktorn kommer att fokusera på base editing och funktionella experiment i zebrafiskmodeller, och eventuellt även i sill. Under hela projektet kommer postdoktorn att samarbeta med experter inom evolutionär biologi och spatial transkriptomik, som angriper utmaningen från kompletterande perspektiv. 

Arbetsbeskrivning:
Postdoktorn kommer i första hand att studera molekylära mekanismer som tros ligga bakom arters anpassning genom att utveckla och använda zebrafiskmodeller. Arbetsuppgifter inkluderar:
- Generera mutanter med hjälp av den senaste tekniken inom base editing och CRISPR/Cas9-metoder
- Skapa transgena, fluorescerande reporterlinjer för potentiella orsaksgener
- Använda in vivo-fluorescensmikroskopi för att visualisera effekter av varianter
- Förbereda prover för vidare experiment och analyser, t.ex. spatial och/eller enkelcells-RNA-sekvensering samt andra -omikmetoder
- Objektivt kvantifiera bilddata
- Datamanagement, kvalitetskontroll och statistisk analys av data
- Hålla sig uppdaterad om metodutveckling inom området och implementera viktiga framsteg
- Skriva rapporter och presentera resultat för teamet och vid internationella möten
- Sprida resultat genom manuskript för publicering i peer review-granskade tidskrifter.

Kvalifikationer:
Ansökningar tas emot från mycket motiverade kandidater med doktorsexamen i molekylärbiologi eller motsvarande. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
Sökande måste ha dokumenterad och bred kompetens inom grundläggande molekylärbiologiska metoder.
Dokumenterad erfarenhet av genomredigering i zebrafisk krävs.
Sökande måste ha minst två års erfarenhet av att använda zebrafisk som försöksdjur.
Erfarenhet av mikroinjektioner och skötsel av zebrafisk krävs.
En framgångsrik kandidat ska vara mycket motiverad, organiserad, pålitlig och kunna arbeta både i team och självständigt.
Utmärkt kommunikationsförmåga på engelska krävs, både muntligt och skriftligt.

Meriter:
Tidigare kunskap och erfarenhet av fluorescensmikroskopi, datamanagement och bildbaserade analyser är meriterande.

Ansökan ska innehålla:
En beskrivning av din relevanta forskningserfarenhet, kunskaper, färdigheter och personliga förmågor. En beskrivning av vad som intresserar dig med den här tjänsten.
Ett CV/meritförteckning 
En lista över publikationer i peer review-granskade tidskrifter 
En kopia av din doktorsexamen 
Vänligen ange kontaktuppgifter till minst två referenspersoner. Om tillgängligt kan även rekommendationsbrev bifogas. 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel den Hoed, marcel.den_hoed@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 15 augusti 2025, UFV-PA 2025/2071.