Bioinformatiker med inriktning mot systemutveckling till NGI Uppsala, SNP&SEQ

Är du intresserad av att arbeta forskningsnära och stödja ett brett forskningsfält? Trivs du i en dynamisk och framåtriktad miljö där du både kan använda och utveckla dina tekniska färdigheter? Då kan denna tjänst vara rätt för dig.

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Vår multidisciplinära grupp består av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 400 Terabaser data. Mer om SNP&SEQ:s och NGI:s verksamhet finns att läsa på: https://www.uu.se/forskning/snpseq och https://ngisweden.scilifelab.se/.

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är ackrediterade av SWEDAC enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025.

Vi söker nu en teknikdriven bioinformatiker till vår Data Operations-grupp. Gruppen jobbar med bioinformatiska analyser och underhåll, utveckling och driftsättning av våra system för att säkerställa en smidig, effektiv och säker datahantering i verksamheten.

Arbetsuppgifter

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att omfatta:

• Designa, utveckla och underhålla open-sourcesystem för bearbetning och analys av storskalig genomikdata.
• Hantera data på vårt dedikerade säkra kluster Miarka vid UPPMAX samt på lokala servrar.
• Automatisera datahantering och integrera system för spårbarhet i laborativa flöden, dokumenthantering och visualisering av nyckeltal (KPI:er).
• Utveckla och underhålla interna system, såsom LIMS (Laboratory Information Management System) och befintliga DevOps-lösningar (tex. Ansible, GitLab).
• Upprätta, underhålla och validera systemdokumentation.
• Samarbeta nära med Uppsala universitets IT, UPPMAX och andra SciLifeLab-verksamheter (tex. NBIS).

Andra arbetsuppgifter kan tillkomma beroende på behov och kompetens

De system och verktyg du kommer arbeta med omfattar bland annat Arteria (https://github.com/arteria-project), CheckQC (https://github.com/Molmed/checkQC), nf-core pipelines (https://nf-co.re/) och Nextflow.

Kvalifikationskrav

• Universitets- eller högskoleexamen i bioinformatik, datavetenskap, IT eller liknande område.
• Minst tre års dokumenterad arbetslivserfarenhet från bioinformatikrelaterad systemutveckling.
• Utmärkta kunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
• Erfarenhet från utveckling av pipelines för datahantering såsom Nextflow eller liknande system.
• Kännedom om metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik.
• Erfarenhet av användning av Git för versionshantering.
• Erfarenhet av att arbeta i Unix/Linux-miljö.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Vi söker dig som är noggrann, har förmåga att snabbt lära dig nya färdigheter och kan arbeta både självständigt och i grupp.

Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden

Särskilt meriterande

• Erfarenhet av användning av datorkluster och distribuerade system.
• Erfarenhet av virtuella miljöer, tex Docker eller Apptainer.
• Erfarenhet av metoder för driftsättning av programvara (tex Ansible) och kontinuerlig integration.
• Erfarenhet av moderna mjukvaruutvecklingsmetoder såsom kodgranskning, testning och CI/CD.

Meriterande i övrigt

• Doktorsexamen i genomik, genetik eller liknande område, inklusive bioinformatiskt arbete.
• Erfarenhet av att upprätta och underhålla systemdokumentation, valideringsunderlag etc.
• Förståelse för informationssäkerhet.
• Erfarenhet av arbete med Agila metoder/scrum.
• Erfarenhet från LIMS-utveckling.
• Erfarenhet av datahantering mot publika databaser för FAIR datahantering såsom ENA eller ArrayExpress
• Erfarenhet från att arbeta kvalitetssäkrat enligt till exempel ISO 17025 eller ISO 27001.
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, 6 månaders provanställning kan komma att tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde 1 juni 2026 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

Ansökningsförfarande

I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen. Utöver det krävs följande dokumentation.

• CV
• Dokument som styrker efterfrågad kompetens

Välkommen med din ansökan senast den 13e mars 2026, UFV-PA 2026/506.