Projektassistent inom bioinformatik, vikariat, till NGI Uppsala, SNP&SEQ

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 450 Terabaser data till våra uppdragsgivare. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se/

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Är du intresserad av att arbeta forskningsnära, stödja ett stort forskningsfält och arbeta med grundläggande bioinformatik? Vill du vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team? Då är du välkommen att ansöka om tjänsten som vikarierande projektassistent.

Arbetsuppgifter

• Bearbeta sekvensdata från storskaliga sekvenseringsinstrument till fastq.
• Kvalitetskontroll och primära bioinformatiska analyser av sekvensdata i service-projekt.
• Leverans av data till uppdragsgivare.
• Hantera data på lokala servrar och vårt dedikerade kluster Miarka på UPPMAX.
• Dokumentera de bioinformatiska processerna.

Beroende på den sökandes kompetens och erfarenhet kan arbetsuppgifterna också komma att omfatta utvecklings-, förbättrings- och valideringsarbete i befintliga system för databearbetning och analys.

Kvalifikationskrav

• Universitetsexamen (Master) inom bioinformatik.
• Erfarenhet av arbete i Linux/Unix-miljö.
• Erfarenhet från databearbetning (kvalitetskontroll, demultiplexning, backup, leverans till uppdragsgivare) av sekvensrådata från Illumina sekvenseringsinstrument.
• Analys av data från storskalig sekvensering (tex helgenom, exon eller RNA-seq) med Illumina sekvensinstrument.
• Erfarenhet av användande av datorkluster för exempelvis storskaliga beräkningar eller dataanalys.
• Erfarenhet av att använda Nextflow.
• Erfarenhet av att använda Arteria, https://github.com/arteria-project
• Kunskap i metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik (tex PCR, DNA/RNA-sekvensering, SNP-genotypning etc).
• Erfarenhet av bearbetning av sekvenseringsdata i en ackrediterad miljö (ISO17025 el liknande).
• Erfarenhet av att skriva styrande dokumentation (”SOP:ar”)
• Erfarenhet av att hantera känsligt genetiska data.
• Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter.
• Mycket goda kunskaper i engelsk i tal och skrift.
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Grundläggande kunskaper i python-programmering
• Erfarenhet av shell-skriptning i Linuxmiljö.
• Erfarenhet av dataanalys med hjälp av R-paket.
• Erfarenhet av versionskontroll med GitHub.

Om anställningen 
Anställningen är ett tidsbegränsat vikariat, 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde 1 mars eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 16e februari 2026, UFV-PA 2026/306.