Bioinformatiker, vikariat

Bioinformatiker

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; https://nbis.se) är en stor och snabbt växande nationell infrastruktur som främjar forskning inom livsvetenskaperna i Sverige genom att tillhandahålla support, infrastruktur och avancerad utbildning inom bioinformatikområdet. NBIS utgör bioinformatikplattformen på SciLifeLab (https://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna, och är också den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologisk information. 

Nu ska en av våra bioinformatiker vara föräldraledig och vi söker därför, under en tidsbegränsad period, en vikarierande bioinformatiker inom vårt team för hälso- och kliniskt forskningsstöd. Teamet arbetar med alla aspekter av bioinformatiska analyser av främst humandata i medicinska och kliniska frågeställningar. De personer som anställs kommer att integreras i ett bioinformatikteam i en spännande forskningsmiljö med många möjligheter till utveckling av nya och existerande färdigheter för att hålla sig à jour med nya sekvenserings-teknologier och andra bioinformatiska utmaningar när de uppstår. 

Arbetsuppgifter

Vi letar efter en expert som primärt kommer att arbeta med bioinformatikanalys av humant transkriptomik- och genomikdata, men också med andra typer av bioinformatiska analyser. Arbetet innefattar att stödja svenska forskare inom detta område och projekten man deltar i kommer att skifta i komplexitet och längd och kommer med varierande medicinska och kliniska frågeställningar. 

Ansvarsområden inkluderar att planera, initiera, utföra och rapportera analyser samt kommunicera med forskargrupper samt hålla sig uppdaterad inom fältet och att ibland bidra till avancerad utbildning av svenska forskare inom bioinformatik. Regelbundna interna möten och internutbildning, samt tid för utveckling av egna färdigheter och lärande från en diversifierad grupp av NBIS-kollegor ger förutsättningar för NBIS-bioinformatikerna att utföra högklassiga bioinformatikanalyser. 

Arbetet kommer att innebära ett visst mått av resande, eftersom kunskapsutbyte är en viktig del av vår verksamhet för att bibehålla spetskompetens för analys av befintliga och nya datatyper. 

Kvalifikationer

Framgångsrika sökande behöver uppfylla följande krav: 

• PhD inom något av följande områden: bioinformatik, molekylärmedicin eller ett närgränsande fält som arbetsgivaren bedömer relevant för tjänsten
• Postdoktoral erfarenhet av att arbeta med bioinformatikanalyser av omik-data.
• Mycket god erfarenhet av arbete (minst 10 år) med avancerade bioinformatikanalyser, inkluderande erfarenhet av analys (pre-processning och statistiska analyser, selektion och visualisering) av bulk- och singelcell-transkriptomikdata, spatiella proteomikdata (t.ex. Pixelgen), genetiska associationsstudier, samt Illumina och Nanopore helgenoms-, metylerings- och RNAseq-sekvenseringsdata.
• Dokumenterad erfarenhet av arbete (minst 5 år) med inflammatoriska och infektionssjukdomar
• Erfarenhet (minst 5 år) av att, på internationellt konkurrenskraftig nivå, självständigt driva supportprojekt och utföra dataanalys relaterande till omik-data
• Erfarenhet av att arbeta i en nationell infrastruktur för bioinformatikstöd
• God förmåga i ett skriptspråk såsom R eller Python, att arbeta med bioinformatik-pipelines speciellt Nextflow, samt att arbeta effektivt i Linux kommandoradsmiljö och på storskaliga datorkluster.
• Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift, samt kommunicera med forskare med olika bakgrunder
• Mycket god erfarenhet att samarbeta och arbeta i en serviceintriktad organisation
• Vilja att lära sig nya metoder och ha en förmåga att utveckla nya färdigheter

Hänsyn kommer också ges till god samarbetsförmåga, driv, självständighet och personlig mognad, samt hur bra sökandes erfarenhet och färdigheter kompletterar och stärker NBIS verksamhet.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Kunskapsöverföring är ett annat viktigt koncept för oss och handledarerfarenhet är starkt meriterande.
• Erfarenhet av arbete med autoimmuna sjukdomar är ytterligare meriterande.
• ”Reproducerbar forskning” och ”FAIR data” är centrala koncept för oss och erfarenhet av relevanta verktyg och metoder är meriterande.

Ansökan

Ansökan ska innehålla CV med referenser och ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. 

Om anställningen

Anställningen är tidsbegränsad, vikariat 6 månader med möjlighet till eventuell förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde 2026-01-09 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Bengt Sennblad, bengt.sennblad@icm.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 1 december 2025, UFV-PA 2025/3550.