Doktorand i kvantitativ genomik

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med personal och studenter från hela världen.  Vår forskning omfattar allt från evolutionär ekologi och genetik till studier av ekosystem. Se vidare www.ieg.uu.se.

Vi söker nu en doktorand i kvantitativ genomik till programmet för Växtekologi och Evolution.

Projektbeskrivning
Denna doktorandtjänst är en del av ett Formas-projekt som inbegriper ett samarbete med Skogforsk, det svenska skogsbrukets forskningsinstitut, och har både ett grundforskningsperspektiv och ett tillämpat perspektiv.

Produktiv skogsmark utgör ~55% av Sveriges landareal och virkesproduktionen har ökat sedan 1950-talet. Att kunna producera mer och bättre skogsprodukter är således mycket betydelsefullt för att FNs globala hållbarhetsmål uppfylls men samtidigt tillfredsställa en växande global efterfrågan. Genombaserade förädlingsmetoder är viktiga för trädförädlingens framtid eftersom de kan förkorta tidsåtgången per förädlingscykel, skärpa urvalsintensiteten samt minska behovet av fenotypmätningar. I allmänhet har genomiskt urval använt singellokus-polymorfier (SNPs) som genetiska markörer. Men allt fler studier på genomisk strukturell variabilitet antyder att variationer i geners kopietal (gCNVs) har en betydande inverkan på fenotypiska egenskaper.

Projektet syftar till att införliva gCNV-baserade markörer i genomikbaserad förädling för att öka dess noggrannhet och effektivitet. Genom att använda gran som biologisk modell strävar vi efter att:

1. Anpassa det populations- och kvantitativt genetiska ramverket för att integrera gCNV-markörer.
2. Vidareutveckla metoder för den genetiska kartläggningen av kvantitativa fenotypegenskaper genom att integrera gCNV-markörer.
3. Skatta och utvärdera förbättringar i precision och träffsäkerhet vid urval samt genetiska vinster i produktivitet som kan uppnås i granförädlingsprogrammet genom att integrera gCNV-markörer i en genombaserad förädlingsstrategi.

Arbetsuppgifter
Den utvalda kandidaten kommer att genomföra kvantitativa genomiska studier med hjälp av kontrollerade korsningar och skogliga fältexperiment, utföra laboratoriearbete (t.ex. DNA-extraktion, kvantitativ PCR), generera och analysera -omics-data. Projektet omfattar också fältarbete för att mäta fenotypiska egenskaper av intresse i Skogforsks fältförsök.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom Evolutionär Biologi, eller Population och Kvantitativ genetik/genomik
• fullgjort minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat motsvarande kunskaper.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom initiativförmåga, kreativt tänkande, förmåga att samarbeta och att engagera sig i forskningsgruppens och institutionens verksamhet. Kandidaten ska ha mycket god förmåga att uttrycka sig på engelska i såväl tal som i skrift.

Meriterande
Den sökande bör behärska de viktigaste begreppen inom evolutionsbiologi, ha en bakgrund inom populationsgenetik/genomik och en solid grund i statistisk metodik relevant för dessa analyser samt en viss färdighet i bioinformatik. Följande färdigheter kommer att betraktas som meriterande: Molekylärbiologisk laboratorieerfarenhet, programmering, matematik/modellering, variantsökning. Observera att en bakgrund inom växtbiologi ej är obligatorisk.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-09-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Upplysningar om anställningen lämnas av
Universitetslektor, Pascal Milesi, pascal.milesi@scilifelab.uu.se. Forskare, Henrik Hallingbäck, henrik.hallingback@skogforsk.se.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla: 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten (en sida max.), 2) ditt CV (inkludera utbildning), 3) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats, 4) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress). Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 21 juli 2025. UFV-PA 2025/2161.