Forskare inom metabarcoding

Vill du arbeta med miljö-DNA och metabarcodingforskning, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som postdoktor på Uppsala universitet.

Institutionen för organismbiologi (www.iob.uu.se) söker en forskare som kommer att vara placerad vid Evolutionsbiologiskt centrum. Anställningen är inom Biodiversity Data Lab (http://biodiversity.se) med Tobias Andermann som huvudsaklig handledare.

Vid Biodiversity Data Lab arbetar vi i gränslandet mellan beräkningsbiologi och biodiversitetsforskning. Vi utvecklar nya beräkningsmetoder och fält-/laboratoriearbetsflöden för att kvantifiera biodiversitetens komplexitet, med fokus på terrestra system. Vår vision är att i framtiden kunna mäta biodiversiteten på en plats på ett standardiserat och reproducerbart sätt.

Vi är en ung och dynamisk forskargrupp med målet att genom vår forskning bidra till att motverka den pågående biodiversitetskrisen. Vi värdesätter innovativa idéer, en kollegial och icke-hierarkisk arbetsmiljö samt forskning av hög kvalitet och genomslag. Framför allt trivs vi med det vi gör!

Arbetsuppgifter
Som forskare kommer du att leda ett projekt som undersöker den dolda mångfalden och ekologin hos encelliga eukaryota parasiter och symbionter associerade med insekter. Arbetet innefattar:

• Avläsning i metabarcoding av homogeniserade insektprov.
• Utveckling av en taxonomiskt fokuserad metabarcodingmetod som utesluter insekts-DNA men möjliggör amplifikation av specifika protistgrupper.
• Bearbetning av metabarcodingdata med vår interna bioinformatiska pipeline.
• Extraktion av geografisk information (förekomst/avsaknad) från art-/ASV-sekvenser.
• Härledning av fylogeni för insektsassocierade mikrobiella eukaryoter.
• Rumslig modellering av distributionskartor och diversitetskartering med både konventionella statistiska metoder och specialbyggda neurala nätverksmetoder, i samarbete med vårt spatiala modellerings-team.

Som forskare förväntas du leda projektet och vara förstaförfattare på de vetenskapliga publikationerna. Tillgång till expertis inom metabarcoding, bioinformatikstöd via NBIS, samt samarbete med specialister inom rumslig modellering och beräkningsbiologi ingår i tjänsten.

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i biologi eller motsvarande utländsk examen (ska vara avlagd vid beslut om anställning).
• Erfarenhet av arbete med metabarcodingdata, särskilt från miljöprover.
• Goda kunskaper inom molekylärt laboratoriearbete, fylogenetik och bioinformatik.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift.

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet så som självständighet och initiativtagande med förmågan att utforska nya idéer. Vi ser även att du som söker har en god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Tidigare erfarenhet av arbete med encelliga eukaryoters mångfald och avläsning av metabarcoding är meriterande.
• Grundläggande kunskaper om arbete på datorkluster och användning av bioinformatiska verktyg. 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader. Omfattningen är 100%. Tillträde 1 oktober 2025 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Tobias Andermann, +46 70 167 93 16, tobias.andermann@ebc.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 3 juni 2025, UFV-PA 2025/1619.