Doktorand i Data-driven molekylärmedicin

Doktorand i Data-driven molekylärmedicin

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: https://www.uu.se/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Allmän beskrivning av DDLS programmet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Till Uppsala universitet söker vi en doktorand inom Datadriven cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

En doktorandtjänst är tillgänglig för en motiverad student med erfarenhet av biostatistik, molekylär epidemiologi, biomedicin och storskalig beräkningsanalys. Tjänsten är placerad vid forskargruppen som leds av docent Åsa Johansson vid Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Gruppen fokuserar på att identifiera riskfaktorer för vanliga sjukdomar och utveckla modeller för riskbedömning eller patientstratifiering baserat på bland annat molekylära data. Mer information om gruppens aktiviteter finns här: https://www.uu.se/en/department/immunology-genetics-and-pathology/research/genomics-and-neurobiology/asa-johansson

Doktorandprojektet rör sig inom områdena farmakoepidemiologi och farmako-omik, där vi utnyttjar multi-omik molekylära data, hälsorelaterade data och avancerade dataanalystekniker för att driva utvecklingen av individanpassad medicin. Tjänsten är en del av forskningsprojektet med titeln "Personalized Medication Strategies to Enhance Efficacy and Reduce Adverse Effects." Projektet syftar till att kartlägga de komplexa relationerna mellan läkemedel och deras effekter på biologiska system samt att identifiera nyckelfaktorer för läkemedelseffektivitet och biverkningar. Det långsiktiga målet är att möjliggöra målinriktade behandlingar för rätt individer, baserat på deras livsstil, sjukdomsförlopp och molekylära profiler. För att uppnå detta kommer vi att tillämpa djupinlärningsmodeller och avancerade kausal inferens-metoder på storskaliga multi-omik data, nationella hälsoregister och andra omfattande hälsorelaterade datakällor.

Arbetsuppgifter

Doktorandtjänsten avser heltidsdoktorandstudier under maximalt fyra år. Innehavaren av tjänsten ska huvudsakligen ägna sin tid åt egen forskarutbildning, men andra arbetsuppgifter såsom undervisning, handledning av studenter och administrativt arbete kan ingå med högst 20 procent av anställningen. Anställningen kommer att förlängas i proportion till den tid som läggs på undervisning, för att möjliggöra fyra års heltidsdoktorandstudier. Den framgångsrika kandidaten förväntas även delta i alla kurser och andra aktiviteter arrangerade av DDLS forskarskola och bidra till DDLS-programmet. För mer information, vänligen se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Kvalifikationskrav

För att uppfylla behörighetskraven för doktorandstudier måste du:

• ha en magisterexamen (masterexamen) eller motsvarande
• ha genomfört minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 poäng på magisternivå inklusive ett självständigt projekt om minst 15 poäng, eller
• ha förvärvat motsvarande kunskaper på annat sätt.

För den annonserade tjänsten krävs en examen (eller motsvarande kunskaper) inom bioinformatik, precisionsmedicin, molekylär bioteknik eller ett relaterat område. En examen inom biomedicin eller biologi kan också accepteras om den kompletteras med avancerade kurser i bioinformatik, biostatistik eller datavetenskap. Detsamma gäller en examen inom datavetenskap eller biostatistik om den kombineras med avancerade kurser i cell- och molekylärbiologi och genetik.

Erfarenhet av att arbeta i en Unix/Linux-miljö samt dokumenterad erfarenhet av att arbeta i R eller Python är ett krav. Goda kunskaper i både talad och skriven engelska är också nödvändiga.

Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och intagningsbestämmelser finner du på https://www.uu.se/vetenskapsomrade/medicin-och-farmaci/utbildning/utbildning-pa-forskarniva . Urval av sökande görs av handledaren i samråd med institutionens forskarutbildningsgrupp och med representant från DDLS programmet. Forskarutbildningskommittén inom vetenskapsområdet medicin-farmaci antar doktoranden. Löneplacering sker enligt lokala riktlinjer vid Uppsala Universitet.

För anställning krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till forskarutbildning. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt universitetets regler och riktlinjer. Doktoranden ska främst ägna sig åt den egna forskarutbildningen. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete kan ingå inom ramen för doktorandplatsen (max 20 %). Utbildningen på forskarnivå omfattar normalt 4 års heltidsstudier, maximalt 5 år om institutionstjänstgöring tillkommer.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Tidigare forskningserfarenhet (t.ex. examensarbete) inom bioinformatik eller medicinsk epidemiologi, tillsammans med dokumenterad erfarenhet av storskaliga dataanalyser, är meriterande. Erfarenhet av att arbeta med olika typer av omik-data (såsom genomik, transkriptomik, proteomik eller metabolomik) är särskilt värdefull. Dokumenterad erfarenhet av maskininlärning och biostatistik är också starkt meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Åsa Johansson, asa.johansson@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 20 maj 2025, UFV-PA 2025/1060