Doktorandplats i datadriven smittspridning och infektionsbiologi

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är huvudsakligen grundläggande, men har i sin tillämpning tydlig koppling och betydelse för hälsa och sjukdom hos såväl djur som människor. En närmare beskrivning finns på Forskning - Uppsala universitet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se DDLS Research school - SciLifeLab.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Ansök nu!

Till Uppsala Universitet söker vi en doktorand inom datadriven smittspridning och infektionsbiologi.

Datadriven smittspridning och infektionsbiologi omfattar forskning som kommer att förändra vår förståelse av patogener, deras interaktioner med värdorganismer och miljön, och hur de överförs i populationer. Forskningen ska ha ett starkt fokus på beräkningsanalys eller prediktiv modellering av patogenbiologi eller värd-mikrobinteraktioner, i vilka flerdimensionella experimentella data tillgängliggörs på genomnivå, eller via genetiska, kliniska eller folkhälsodata på populationsnivå från patogenstudier och biobanker.

Vi söker en mycket motiverad person med ett stort intresse av att doktorera inom ämnet datadriven smittspridning och infektionsbiologi vid Uppsala Universitet. Förväntat startdatum är hösten 2025, eller enligt överenskommelse.

Projektsammanfattning och arbetsuppgifter: Detta doktorandprojekt är en del av forskarskolan Data-Driven Life Science (DDLS), som stöds av SciLifeLab och Wallenberg Nationella Programmet. Forskargruppen vid Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, där doktoranden kommer att ingå, fokuserar på mekanismer och dynamik för plasmidkopietal i patogena bakterier, med stark inriktning på infektionsbiologi och utveckling av antibiotikaresistens. Målen för detta projekt är i) att bättre förstå rollen hos små kryptiska plasmider i utvecklingen och spridningen av antibiotikaresistens, och ii) använda maskininlärningsverktyg för att undersöka det komplexa samspelet mellan bakteriella värdar, olika plasmider och resistens. För att uppnå dessa mål kommer den antagna doktoranden att ha tillgång till en stor samling genetiskt väldefinierade mikroorganismer, infektionsmodeller och en interaktiv och stimulerande arbetsmiljö. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom maskininlärning, datavetenskap, bioinformatik, infektionsbiologi eller ett närliggande område eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi söker en kandidat med ett starkt intresse för datadriven forskning inom infektionsbiologi. Tidigare praktisk erfarenhet av maskininlärning, djupinlärning och relevanta mjukvaruramverk (R och Python). Mycket goda muntliga och skriftliga färdigheter i engelska krävs. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom samarbets- och kommunikationsförmåga samt analytisk kapacitet. Förmåga att ta egna initiativ liksom att arbeta självständigt och i samverkan med andra nationella och internationella forskargrupper.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper i statistik och infektionsbiologi är mycket uppskattade.

Bedömning sker enligt följande kriterier

Uppfyllande av behörighetskrav, betyg på kurser, hur väl kurserna passar projektet, samt tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom områden som relaterar till projektet enligt beskrivningen ovan. En sammantagen bedömning görs för att anställa den person som anses mest lämpad att klara doktorandstudierna och bidra till en positiv utveckling av programmet.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde under hösten 2025 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Universitetslektor Helen Wang, helen.wang@imbim.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 28 maj 2025, UFV-PA 2025/1038.