Forskare i systematisk biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. Vi studerar också de djupaste förgreningarna i livets träd med hjälp av bioinformatik och experimentella molekylära tekniker. Forskning om hur kemikalier av antropogent ursprung interagerar med cellfunktioner och ger upphov till långvariga hälsoeffekter på människor och djur utförs också. För mer information se www.iob.uu.se.

Arbetsuppgifter
Syftet med projektet är att annotera och beskriva en ny typ av mobila element i svampar, så kallade Starships, från en stor databas av nysekvenserade och befintliga genom. Ditt arbete går ut på att generera och använda anpassade bioinformatiska verktyg för klassificering av element i genom. Den klassificeringspipeline som utvecklas kommer att omfattar både maskininlärningsmetoder (t.ex. CNN) och genmodeller (HMM). Funktionell annotering och analys av geninnehållet i de mobila elemenen och jämförelse med befintliga databaser över gener som är involverade i biosyntetiska genkluster, virulens/patogenicitetsvägar och antimikrobiell resistens.

Arbetet går även ut på att utvärdera de mobila elementens evolutionära historia, så som tecken på horisontell genöverföring, genom att använda fylogenetik och fylogenomik. Åtminstone ett skrivet manuskript som är avsett för publicering i en expertgranskad tidskrift förväntas i slutet av projektet.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen med inriktning mot mykologi, mikrobiologi, komparativ genomik eller bioinformatik. Den sökande ska ha lång erfarenhet av att analysera genom från svampar, med särskild vikt på att hitta och beskriva repetitiva genetiska element.

Specifika krav för tjänsten är:

• Kunskaper i Bash, Python och R är ett krav.
• Tidigare erfarenhet av ascomyceter/icke-mänskliga patogener .
• Erfarenhet av att arbeta med SQL databaser (MySQL, SQlite eller liknande).
• Sökande ska kunna arbeta självständigt och målinriktat med planering och genomförande av projekt.
• Dokumenterat god engelska i både tal och skrift.

Stort vikt läggs vid personliga egenskaper såsom samarbetsförmåga, självständig, mål- och resultatorienterad samt kommunikativ.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde 2024-02-21 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Aaron Vogan, aaron.vogan@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 14 februari 2024, UFV-PA 2024/378.