Postdoktor - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

Arbetsuppgifter
Fokus i projektet är på medulloblastom, en typ av hjärntumör som främst drabbar barn och unga vuxna. Det planerade projektet syftar till att kartlägga de tidiga händelser (t.ex. mutationer) som gör att en normal hjärncell (ursprungscell) transformeras till en malign cancercell, samt att förstå hur detta skiljer sig mellan subgrupper av patienter och vilka skillnader som finns inom en subgrupp beroende på när i ursprungscellens utveckling den maligna transformationen sker. För att undersöka detta kommer två typer av experiment utföras av samarbetspartners vid St Jude Children’s Research Hospital i Memphis; (1) spårning av enskilda ursprungscellers utveckling till cancerceller i musmodeller av medulloblastom m.h.a. DNA barcoding (s.k. lineage tracing), scRNA sekvensering och scATAC sekvensering och (2) tidsupplöst pooled CRISPR/Cas9 knockout av intressanta gener med scRNA- och scATAC sekvensering.
Huvudsakliga arbetsuppgifter är projektledning och planering av de ovan beskrivna experimenten, behandling och analys av ovan beskrivna data, vilket även innebär att bygga matematiska modeller för att beskriva underliggande biologiska processer. Övriga arbetsuppgifter inkluderar aktivt deltagande i vetenskapliga konferenser, utarbeta manuskript och övriga relaterade uppgifter.

Kvalifikationskrav
- Doktorsexamen i beräkningsbiologi eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i beräkningsbiologi. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc..
- Tidigare erfarenhet av analys av single cell data, t.ex. scRNA-sekvenseringsdata.
- Tidigare erfarenhet av matematisk modellering.
- Tidigare erfarenhet av algoritmutveckling.
- Tidigare erfarenhet av analys av lineage tracing experiment.
- Dokumenterad kunskap inom neuro-onkologi/hjärntumörer.
- Dokumenterad erfarenhet av både muntlig och skriftlig kommunikation av vetenskapligt arbete.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Fredrik Johansson Swartling, fredrik.swartling@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 5 januari 2024, UFV-PA 2023/4877.