Doktorand i evolutionär genetik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

En doktorandtjänst inom evolutionär genomik är tillgänglig vid Institutionen för ekologi och genetik, avdelningen för växtekologi och evolution.

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 100 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare www.ieg.uu.se.

Projektbeskrivning: Strukturella varianter (SV) omfattar ett brett spektrum av (makro-)mutationer som kan omfatta från hundra nukleotider upp till stora delar av kromosomer (t.ex. storskaliga deletioner/duplikationer, inversioner). SV är så vanliga i eukaryota genom att den genetiska mångfald som de förklarar är större än den som förklaras av SNP (single nucleotide polymorphisms). Av främst tekniska skäl har SV dock inte studerats tillräckligt och därför är vår förståelse av viktiga evolutionära processer ofullständig. Vi vet t.ex. inte mycket om mutationsfrekvensen hos olika typer av SV, deras segregationsmönster eller hur rekombinationen påverkas i närheten av eller inom SV. På samma sätt är lite känt om fördelningen av deras effekter på fitness. Denna kunskap behövs för att förstå evolutionen av strukturella varianter och genomevolution generellt.

Evolution av SV kommer att studeras på ett par olika sätt. För det första, kommer vi i en jämförande studie att dra nytta av två evolutionära förändringar som inträffat upprepade gånger och oberoende av varandra i flera olika växtfamiljer, och som kan förväntas påverka evolutionen av SV. Vi kommer att använda växtfamiljen Brassicaceae för att testa teoretiska förutsägelser vad gäller effekten av förändrat parningssystem (från korsbefruktning till självbefruktning) och förändring i ploidinivå för evolution av SV.

1. Förändringar i parningssystem – För att undersöka strukturella varianters fitnesseffekter kommer korsbefruktande och självbefruktande närbesläktade arter att jämföras.
   
   
2. Förändring i ploidinivå – För att undersöka mutations- och rekombinationshastigheter kommer populationer/arter av olika ploidinivå (t.ex. två respektive fyra kopior av genomet) att jämföras, samt SV variation i polyploiders delgenom att undersökas.

För det andra kommer vi att mer ingående analysera variation i antal genkopior (”copy number variants, CNV”), vilket är dåligt känd hos de flesta arter. CNVs är speciella bland SV eftersom de är multialleliska. Det betyder att för att karaktärisera den här typen av polymorfism krävs att frekvensen av olika CNVs fastställs. Vi kommer att kombinera experimentell evolution och kontrollerade korsningar med komparativ genomik och direkt genotypning för att uppskatta mutationshastigheter (i termer av förändring i kopietal), rekombinationshastigheter och för att följa CNVs segregationsmönster.

Det här projekt kommer att bana väg för nya populationsgenetiska modeller som tar hänsyn till egenskaper hos de olika typerna av SV.

Arbetsuppgifter
Genomföra experimentella evolutionsstudier med designade korsningar i tillväxtkammare/odlingsskåp, utföra våtlaboratorieexperiment (t.ex. DNA/RNA-extraktion, kvantitativ PCR), samt generera och analysera -omics-data.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom evolutionsbiologi, populations- och kvantitativ genomik, beräkningsbiologi, eller relevant område.
  
  
• fullgjort minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
  
  
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom initiativförmåga, kreativt tänkande, förmåga att samarbeta samt engagemang i forskningsgruppens och institutets verksamhet.

Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Den sökande bör behärska huvudbegrppen inom evolutionsbiologi, samt ha en bakgrund inom populationsgenetik/genomik och en solid grund i de En solid bakgrund i de statistiska övervägandena för denna analys samt smak för bioinformatik. Följande färdigheter kommer att betraktas som meriterande: Molekylärbiologi/våt labb, programmering, matematik/modellering. Observera att det inte krävs en bakgrund i växtbiologi.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2024-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Bitrande Universitetslektor Pascal Milesi, pascal.milesi@scilifelab.uu.se, +46 7 69 31 25 89.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten (en sida max.), 2) ditt CV, 3) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats, 4) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer) Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 24 november 2024. UFV-PA 2023/3568.