Doktorand i sömn och kronobiologisk forskning, med fokus på bioinformatik för interventionsstudier - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

En fyraårigt fullt finansierad doktorandanställning finns nu tillgänglig vid institutionen. Vi söker motiverade kandidater, helst med bioinformatisk erfarenhet, som vill bedriva spetsforskning kring genomiska och molekylära aspekter av sömn & cirkadiansk medicin (kronomedicin). Inriktningen kommer vara hur dessa parametrar påverkas av livsstilsfaktorer som träning och kost.

Projektet kommer omfatta avancerade interventionsstudier inom sömn & dygnsrytm, där data och prover samlas in 24 timmar om dygnet (dag och natt) för genomiska och andra molekylära analyser. Projektet kommer också att innebära unika möjligheter för kompletterande, mekanistiska studier på preklinisk nivå. Du kommer att kunna lära dig en rad genomiska och molekylära tekniker, allt från att förbereda prover för RNA-sekvensering till integrering av flera typer av högupplöst molekylär data med hjälp av avancerade bioinformatiska verktyg.

Som doktorand kommer du att bedriva spetsforskning i en miljö som är mycket samarbetsvillig, interaktiv och har ett nära samarbete med kliniker. Avdelningen har ett nära samarbete med vårdgivare från det närliggande sjukhuset och är värd för alla förutsättningar för translationell forskning. Detta omfattar också tillgång till flera unika studiekohorter för kompletterande epidemiologisk validering, kopplade till sömn och kronomedicin.

För projektet finns tillgång till anläggningar för sekvensering och proteomik, liksom för preklinisk forskning, inklusive in vitro-baserade studier. Vår forskargrupp är värd för flera dedikerade sovrum för interventionell sömn och dygnsstudier, och samarbetar nära med grupper med expertis inom diabetes, nutrition, molekylär diagnostik och bioinformatik om dygnsrytmer. För det sistnämnda har vi nära samarbeten med befintlig bioinformatisk infrastruktur samt bred expertis inom gruppen.

Arbetsuppgifter
Doktorandens huvuduppgifter kommer att vara att hjälpa till att genomföra avancerade kliniska interventionsstudier. Dessa involverar både fält- och sömnlab-baserad övervakning av deltagare och en bred datainsamling. Doktoranden kommer dessutom att i sina doktorandstudier att fördjupa sig inom det relevanta ämnesområdet, för att bl.a. lära sig hur man analyserar insamlad data, inklusive flera typer av bioinformatiska analyser, såsom av genomisk data och andra omics-datatyper. Erfarna handledare kommer att vägleda studenten genom hela processen – från att planera studien, vidare till dess implementering och analys, samt efterföljande författande av manuskript.

Doktorandprojektet omfattar fyra års heltidsstudier.

Du kommer att handledas av en huvudhandledare, och minst en bihandledare.

Kvalifikationskrav

• Behörig till antagning till utbildning på forskarnivå är den som har avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt förvärvat i huvudsak likvärdiga kunskaper inom resp. utanför landet.
• Den sökande ska ha grundläggande utbildning på universitets- eller högskolenivå inom medicin, bioinformatik, biomedicin, eller närliggande ämnen.
• Den sökande ska kunna arbeta självständigt men även vara duktig på att arbeta i team. Vidare bör den sökande vara mycket motiverad, noggrann och målinriktad.
• Sökande ska kunna uttrycka sig väl, både muntligt och skriftligt, på engelska.
• Tonvikten kommer särskilt att läggas på dokumenterad erfarenhet av experimentellt arbete, statistiska och bioinformatiska analyser samt tidigare publikationer.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Tidigare forskningserfarenhet eller intresse för sömn, dygnsrytmer, ämnesomsättningen och bioinformatik är önskvärt. Av relevans är också tidigare erfarenhet av kliniska studier, klinisk medicin, bearbetning av stora datamängder, eller kunskaper inom molekylärbiologi eller biostatistik. Att kunna svenska är en fördel. Särskild vikt kommer att läggas vid individuell lämplighet, vad gäller vem som bedöms ha de bästa förutsättningarna att genomföra det planerade projektet.

Ansökningsförfarande
Ansökan bör skrivas på svenska eller engelska och bör innehålla en meritförteckning samt eventuella tidigare projektuppsatser och vetenskapliga publikationer. Ansökan ska även innehålla ett personligt brev, med en kortfattad beskrivning av dig själv, din motivation för att söka tjänsten, din kompetens samt lämplighet för tjänsten. Det personliga brevet ska även innehålla kontaktinformation till två referenspersoner (namn, e-postadresser och telefonnummer).

Ansökan bör även innehålla (som bilagor) kopior av relevanta examensbevis och kursutskrifter. Ansökningar bedöms efter behörighet, tidigare erfarenhet och individuell lämplighet.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, +46 708 2297 48, jonathan.cedernaes@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 20 april 2023, UFV-PA 2023/1381