Bioinformatiker - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet. 

Arbetsuppgifter
Personen kommer arbeta med analys av longread-sekvenseringsdata från PacBio och Oxford Nanopore. Främst gäller det bioinformatiska analyser inklusive alignment, variantanalys, assembly och identifiering av kliniskt relevanta varianter. Nya analysverktyg behöver sättas upp, t ex Deep Variant, för variantanalys. Den anställde kommer också vara med och sätta upp metoden "adaptive sampling" på labbet, men främst med ansvar för datahantering och dataanalys. I projektet kommer patientprover analyseras för att identifiera sjukdomsorsakande variation

Kvalifikationskrav
Sökande ska ha genomgått en grundutbildning i biomedicin, bioteknik, bioinformatik eller motsvarande. Vana att arbeta i unixmiljö är ett krav. Personen skall ha erfarenhet av att arbeta med longread-data från Oxford Nanopore och PacBio inklusive alignment, variant calling, assembly, metyleringsanalys samt visualisering av genetiska data. God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska. God samarbets- och kommunikationsförmåga. Då utvecklingen inom området sker mycket snabbt krävs en person som har förmåga att testa, utvärdera och anpassa analyser.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av att arbete på UPPMAX/Bianca är önskvärt. Sökande behöver ha god arbetsdisciplin och noggrannhet. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 9 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Lars Feuk, lars.feuk@igp.uu.se, 018-471 4827

Välkommen med din ansökan senast den 7 mars 2023, UFV-PA 2023/598.