Bioinformatiker - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Clinical Genomics Uppsala är sedan starten 2013 en del av plattformen Clinical Genomics inom Science for Life Laboratory. Den bioinformatiska verksamheten är förlagd till Uppsala universitet, medan laboratoriearbetet utförs vid kliniska laboratorier på Uppsala Akademiska Sjukhus. Enhetens uppdrag är att bedriva service och utveckling för kliniknära forskning, samt att ta fram och tillhandahålla kliniska test, främst med hjälp av storskalig DNA-sekvensering, s.k. next-generation sequencing (NGS). I multidisciplinära team med bioinformatiker, genetiker, mikrobiologer och läkare levererar faciliteten kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter. Verksamheten är framför allt inriktad mot ärftliga sjukdomar, olika former av cancer och mikrobiologi. För närvarande analyseras över 8000 humana kliniska prover per år med de metoder som faciliteten tillhandahåller. Eftersom genetisk diagnostik efterfrågas inom allt fler kliniska discipliner pekar prognosen på en stark tillväxt.

Arbetsuppgifter
Arbetsuppgifterna kommer framför allt fokusera på att driva utvecklingen av analyser riktade mot mikrobiologi. Detta innefattar arbete med att utveckla och validera kliniska analyser och databaser för SARS-CoV-2 och andra virus och bakterier. Möjligheter kommer även finnas att arbeta med parasiter och svampar. Arbetet kommer till stor del bestå i att implementera och automatisera robusta pipelines för att analysera long-read sekvensdata för kliniskt bruk, samt att ta fram system för att dela genetisk information internt och externt. Nuvarande mikrobiologiska analyser utförs till stor del med Geneious. Vi ser därför gärna sökande med erfarenhet av att använda och programmera plugins och workflows till Geneious prime. 

En särskilt viktig aspekt av arbetet är samarbetet med anställda inom universitet och sjukvård och förmåga att utveckla effektiva analysmetoder för skarpa kliniska frågeställningar. Eftersom verksamheten hanterar känsliga kliniska data är frågor kring datasäkerhet viktiga. Den anställde kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, molekylärbiologer, mikrobiologer och läkare inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.

Kvalifikationskrav
- Mastersexamen eller liknande i ämne med anknytning till tjänsten t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält. 
- Dokumenterad förmåga inom ett eller flera relevanta scriptspråk (t ex Bash/Python/Perl/JAVA)
- Erfarenhet av att arbeta med NGS analys i linuxmiljö på beräkningskluster
- Kännedom om Geneious prime, git, conda och pipelineverktyg som Snakemake eller Nextflow.
- Flytande svenska och engelska

Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt
Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift önskvärt. Vi ser gärna sökande med kunskap om NGS baserade analyser inom klinisk mikrobiologi, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik. Även tidigare arbete med automation är meriterande liksom erfarenheter av analyser av data från long-read tekniker, såsom Oxford Nanopore. 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsat vikariat, 6 månader.
Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 28 februari 2023, UFV-PA 2023/380.