Postdoktor inom bioinformatik om systembiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper,  www.medsci.uu.se, är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. 

Detta projekt, som bedrivs vid enheten för Transplantation och regenerativ medicin, avser använda systembiologi och precisionsmedicin för att etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. 

Målet med nuvarande projekt är att använda systembiologi och så kallad ”Big data” för att dels förbättra och skräddarsy diagnostik och prognos, samt att kunna förutsäga behandlingssvar. Det vill säga delar av så kallad precisionsmedicin, vilket kräver bred kartläggning av biologisk data (djup fenotypning). 

Ett av delmålen är att använda en AI-baserad plattform för att kunna analysera Big data från flera källor/modaliteter för att kunna anpassa terapier till en specifik individ. Vi kommer även att kartlägga ifall fenotypdata kan förutsäga olika sjukdomsvariabler.

Parallellt kommer vi att använda avancerade interventionsstudier med provtagning i välkontrollerade sömnlab. Inriktningen kommer att vara undersökningar kring hur sömn och livsstilsfaktorer interagerar med vanliga folkhälsosjukdomar som drabbar kognitionen samt ämnesomsättningen, såsom typ 2-diabetes. Även här kommer ett av delmålen vara att finna nya biomarkörer.

I vår grupp kommer du kunna få bred expertis om sömn och dygnsrytmer, samtidigt som du har möjlighet att skaffa dig lab-erfarenhet och omfattande nätverkande med våra internationella partners. Du kommer också att ha möjligheter till förstaförfattarpositioner på manuskript, att delta i flera forskningssamarbeten, samt att presentera vid nationella såväl som internationella konferenser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter  

• Bioinformatiska analyser av och integrering av flera datatyper, så kallad systembiologisk analys (t.ex. blodbaserade biomarkörer, EEG-data) från olika patientkategorier, för att finna nya biomarkörer och sjukdomsmekanismer som är specifika för olika typer av neurokognitiva störningar. Inriktningen är på demenssjukdomar, sömnstörningar och epilepsi, samt metabola störningar såsom typ 2-diabetes.
• Analys av aktivitetsdata (aktigrafi) och EEG-data för att analysera sömn och parametrar för dygnsrytmen, samt hur detta relaterar till sjukdomsmekanismer och annan neurokognitiv data (t.ex. för att utvärdera minnesförmågan) vid neurokognitiva och metabola störningar.
• Analys av metagenomiska data och integrering med metabolomik-baserade data, med bioinformatiska nätverksmodeller för att hitta nya mekanismer för reglering av dygnsrytmen och sömn vid normal hälsa och vid metabola och neurokognitiva störningar.
• Samarbete med partnergrupperna inom EU-Horizon-projektet MES-CoBraD, för provhantering och provanalyser vid etablerade faciliteter vid Uppsala universitet och våra samarbetspartners, för analyser av nya biomarkörer, t.ex. med multiplexade provpaneler (t.ex. O-link, samt riktade metabola, kardiovaskulära och neurodegenerativa biomarkörer).

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i bioinformatik eller systembiologi, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i bioinformatik eller systembiologi.
• Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
• Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, inom bioinformatik och integrering av flera datatyper (t.ex. transkriptom-data, metabolomik och tarmflorans metagenomik), med arbete och visualisering i relevanta skriptmiljöer (såsom R och pyton).
• Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, av arbete med ovanstående typer av data för humandata, gärna med fokus på folkhälsosjukdomar såsom obesitas, typ 2-diabetes och neurodegenerativa sjukdomar.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper om bioinformatiskt relevant databas-hantering (t.ex. KEGG, USDA, Uniprot) och nedladdning och implementering av sådant i bioinformatiskt relevanta tillämpningar. Multi-omics-integrering, genome-scale metabola modeller, erfarenhet av relevanta bioinformatiska pipelines och relevanta kvalitetssäkrings-verktyg (t.ex. PCA, PLSDA, t-SNE). Erfarenhet i relevanta visualiserings-miljöer (ggplot2, illustrator), programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation. Våtlabs-arbete, t.ex. med ELISA-metoder, qPCR och western blotting.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i två (2) år. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, jonathan.cedernaes@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 14 oktober 2022, UFV-PA 2022/3421.