Doktorand i systematisk biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. För mer information se www.iob.uu.se.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet

Tjänsten är placerad i Fabien Burkis forskargrupp (https://www.burki-lab.net/) inom programmet Systematisk biologi vid Institutionen för organismbiologi (Evolutionsbiologiskt centrum, Uppsala universitet). I Burki-labbet studerar vi den breda mångfalden av eukaryoter, som huvudsakligen är mikrobiell, för att förstå några av de viktigaste övergångarna i bred eukaryotevolution, såsom plastidernas ursprung. Den utlysta tjänsten är inom ett ERC-finansierat projekt: Etablering av ett nytt ramverk för plastidevolution baserat på karakteriseringen av ny mångfald av encelliga eukaryoter

Projektbeskrivning
Burki-lab tilldelades nyligen ett ERC Consolidator-anslag (PlastidOrigin) som syftar till att studera en av de mest omvälvande händelserna i eukaryotevolutionen – ursprunget till de fotosyntetiska organellerna (de primära plastiderna). Huvudsyftet med denna doktorandtjänst är att karakterisera ny miljömässig mångfald som divergerade nära ursprunget till Archaeplastida - supergruppen av eukaryoter där plastider etablerades för mer än 1,5 miljarder år sedan. Vi strävar efter att identifiera och fylogenetiskt bestämma mikrobiella grupper som aldrig har setts förut för att skapa ett omfattande evolutionärt ramverk för ursprunget till plastider och som inkluderar denna avgörande miljömässiga mångfald. En uppsättning metoder kommer att användas, inklusive långsekvensmetabarcoding, encellig transkriptomik, metagenomik, fylogenomik, odling, mikroskopi.

Arbetsuppgifter
Tjänsten innebär labbarbete och bioinformatik. Labbarbete kan innefatta: provtagning, cellisolering, avbildning med avancerad mikroskopi, cellsortering, försök till odling av intressanta celler i anrikningskulturer och biblioteksförberedelser för metabarcoding och HTS-sekvensering. Bioinformatik inkluderar analys av mångfaldsdatauppsättningar, fylogenetik, analys av genomiska datauppsättningar, fylogenomik. Sprida resultat i lämpliga format, inklusive ledande peer-reviewed publikationer och konferenser. Utbildning kommer att ges vid behov.

Kvalifikationskrav
Avklarad universitetsutbildning med minst 240 högskolepoäng (hp), varav 60 hp på avancerad nivå, motsvarande mastersnivå inom områden som är relevanta för detta projekt. Expertis och kunskap inom mikrobiell provtagning samt hantering och odling av protistceller är till nytta. Bakgrund i eukaryot mångfald kommer att ses som mycket värdefull. En uppsättning metoder kommer att användas enligt beskrivningen i projektbeskrivningen och är önskvärda egenskaper hos kandidaten. I synnerhet bevisad expertis inom bioinformatik (t.ex. fylogeni, genomik) och användning av ett skriptspråk (Python, R) är avgörande. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper som hög motivation, planerings- och organisationsförmåga, problemlösning samt goda samarbeten och kommunikationsförmåga med teammedlemmar och andra forskare. Den sökande ska ha dokumenterad erfarenhet och färdighet i muntlig och skriftlig presentation på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Universitetet har för avsikt att rekrytera den person som, utifrån en sammanvägd bedömning av kompetens, färdigheter och dokumenterade kvalifikationer, bedöms som lämpligast att bedriva projektet samt bidra till en positiv utveckling av avdelningen.

Anställningen
Anställningen är fyra år och personen kommer huvudsakligen att ägna sig åt sin egen forskning. Om undervisning eller annan institutionstjänstgöring på maximalt 20 procent ingår i anställningen kan en förlängning beviljas upp till högst fem år. Löneplacering sker i enlighet med lokala riktlinjer vid Uppsala universitet. Sökanden måste vara berättigad till doktorsexamen vid Uppsala universitet. Information om forskarutbildning finns på webbplatsen för Naturvetenskapliga fakulteten, http://www.teknat.uu.se/Doktorand/.  

Ansökningsförförande
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och din motivation till varför du vill ha doktorandtjänsten, 2) en kort beskrivning av din utbildning, kopior av examensbevis och betyg, 5) namn och kontaktinformation (adress, mejl och telefonnummer) till minst två referenspersoner, 6) relevanta publikationer(inklusive masteruppsatsen) Ansökan bör vara skriven på engelska.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2023-01-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Dr. Fabien Burki; fabien.burki@ebc.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 20 oktober 2022, UFV-PA 2022/3349.