Postdoktor inom Epigenetisk och multi-OMICs dataanalys - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Postdoktor inom Epigenetisk och multi-OMICs dataanalys

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Institutionen för organismbiologi utlyser en postdoktorstjänst till programmet för miljötoxikologi. Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. Programmet för miljötoxikologi är en trevlig arbetsmiljö där vi i fem forskargrupper bedriver forskning och undervisning om effekterna av miljökemikalier och andra stressfaktorer på olika organismer, allt från mikroalger till människor, med vår vision “leading the way towards a non-toxic future”.

Postdoktorn kommer att ingå i gruppen Molecular Toxicology and Epigenetics (EpiTox) vid programmet för miljötoxikologi, ledd av prof. Joëlle Rüegg och bestående av 4 doktorander och 1 postdoc (utöver denna tjänst). Forskning inom EpiTox-gruppen fokuserar på att kartlägga mekanismer bakom (neuro) utvecklingseffekter av hormonstörande kemikalier i en och flera generationer, med särskilt fokus på epigenetisk reglering. Samarbetspartner Philipp Antczak vid universitetet i Köln kommer att fungera som handledare/rådgivare för de analyser som postdoktorn kommer att utföra.

Arbetsuppgifter  
Postdoktorn kommer huvudsakligen att vara involverad i två projekt: EpiTag-projektet som syftar till att kartlägga epigenetiska mekanismer som leder till ”transgenerational epigenetic inheritance” av beteendeförändringar inducerade av kemisk exponering hos zebrafisk; och ENDpoiNTs-projektet, ett stort Horizon 2020-projekt som syftar till att utveckla nya metoder för att identifiera hormonstörande ämnen som inducerar neuroutvecklingstoxicitet. I EpiTag-projektet kommer kandidaten att utföra dataanalys och integration av data som är framtagna med Oxford Nanopore-teknologin från olika utvecklingstidpunkter och olika generationer av zebrafiskar. I ENDpoiNTs-projektet kommer postdoktorn att vara involverad i analys av genomomfattande DNA-metyleringsdata framtagna med ”reduced-representation bisulfite sequencing” (RRBS), integration av multi-OMICs (transkriptomik, DNA-metylomik, metabolomik) data och inkorporering av dessa data i ”adverse outcome pathways” (AOP) som är relevanta för neuroutveckling.

Kandidaten förväntas planera, utföra, analysera och tolka sitt arbete självständigt, skriva vetenskapliga publikationer och bidra till projektrapporter, delta i internationella möten och konferenser, handleda doktorander och masterstudenter samt engagera sig i den vetenskapliga och sociala arbetsmiljön vid programmet och institutionen.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi eller liknande. Examen ska vara uppfylld senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör ansökan komma från den som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

Väldokumenterad erfarenhet av att arbeta med R eller python, en god förståelse för multi-OMICs integration, djup kunskap om minst ett av följande OMICs områden: (epi)genomik, transkriptomik eller metabolomik, och kunskap om statistiska analyser av sådan data krävs. Då arbetet kommer att utföras i en internationell tvärvetenskaplig miljö krävs utmärkt muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt
En biologisk bakgrund, tidigare erfarenhet av Oxford Nanopore och/eller RRBS-dataanalys, kunskap om biostatistik, ”data/text mining” och ” systematic approaches” samt AOP ramverket är meriterande. Dessutom är erfarenhet av longitudinell dataanalys inklusive modellering av dynamiska data med både linjära och icke-linjära metoder och/eller erfarenhet med Bayesianska nätverk meriterande.

Vikt kommer också att läggas på personliga egenskaper. Vi söker en mycket motiverad person med originellt, kreativt och analytiskt tänkande och laganda. Den sökande förväntas ta initiativ och arbeta självständigt.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år med möjlighet till förlängning på ytterligare 1 år. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Institutionen för Organismbiologi, Evolutionsbiologiskt centrum vid Uppsala universitet

Upplysningar om anställningen lämnas av: Joëlle Rüegg, joelle.ruegg@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 19 juni 2022, UFV-PA 2022/1430 .