Forskningsassistent - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

Projektbeskrivning/Arbetsuppgifter: Projektet avser studera effekten av träning på metabol, kognitiv och psykisk hälsa hos typ 2-diabetiker, med fokus på den bidragande effekten av förändringar i sömn.

Diabetes utgör en av de stora utmaningarna för global folkhälsa. Typ 2-diabetes (T2DM) utgörs av insulinresistens och har ökat kraftigt i global förekomst, för att i Sverige utgöra 85-90% av diabetespopulationen. Diabetiker drabbas ofta av komorbiditeter såsom sömnstörningar, ångest, nedstämdhet, kroniska infektioner, hjärtkärlsjukdomar, eller muskuloskeletala besvär – faktorer som sänker allmänhälsan och välmåendet. T2DM och dess komorbiditeter ger kraftig påverkan på välmåendet och produktivitet, och ger stora socioekonomiska följdeffekter.

Livsstilsinterventioner såsom träning och kost är avgörande för att förbättra hälsan vid T2DM. Fysisk träning ger frisättning av molekyler som förbättrar kognitionen och måendet, sannolikt delvis genom förbättrad sömn och ämnesomsättning på vävnadsnivå. Dock är resultaten motstridiga från träningsstudier, t.ex. avseende psykiskt tillstånd vid T2DM och därför behövs ytterligare studier för att klargöra hur träning kan förbättra långtidshälsan vid T2DM, och om det finns sjukdomsfaktorer som påverkar utfallen.

Vårt projekt avser studera en träningsintervention med analyser utifrån individskattade och objektiva mätvärden, inriktade på hur sömnen påverkas, för att därigenom inverka på välmående, livskvalitet, och biomarkörer för kognition, sömn och metabol hälsa. T2DM-patienter kommer i randomiserad ordning få genomgå en av två fyraveckors interventioner: vanliga promenader jämfört med måttlig fysisk träning (30 min på cykel). Alla variabler mäts före och efter interventionerna och jämförs inom och mellan grupper, samt mellan män och kvinnor i studien.

Vårt projekt kommer ge insikt i hur livsstilsfaktorer, med fokus på träning och sömn, kan påverka den allmänna hälsan hos patienter med diabetes, en av vår tids stora hälsoutmaningar.

Kvalifikationskrav: Masterexamen inom molekylärbiologi och bioinformatik. Erfarenhet av att leda självständiga projektarbeten på doktorandnivå. Extensiva kunskaper inom bioinformatik och beräkningsbaserad modellering (computational modelling), med särskilt fokus på metagenomik, dvs. bioinformatik som rör tarmflorans sammansättning och funktion. Inom metagenomikområdet bör personen besitta kunskaper som rör normal uppsättning och funktion av tarmfloran, liksom hur denna störs vid metabola och neurodegenerativa sjukdomar såsom typ 2-diabetes. De bioinformatiska kunskaperna bör omfatta förmågan att analysera storskaliga datamängder med lämpliga statistiska verktyg, samt kunskap inom programmeringsmiljöerna/språken Pyton, Matlab, samt skriptspråken R, Bash och Shell. Inom dessa programmeringsmiljöer ska personen ha erfarenhet om hur man bygger biologiska nätverk genom integrering av metadata med metagenomisk data, hur man laddar ner data från externa databaser, samt visualisering av data (t.ex. i principalkomponentanalyser eller motsvarande) och metoder för att finna signifikant skilja parametrar. Kunskaper inom Word, PowerPoint och Excel, samt förmåga till grafisk visualisering av större datamängder förutsätts också.

Meriterande i övrigt: Kunskaper inom bioinformatisk genuttrycksanalys, ELISA-metoder, programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2022-04-30.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedenaes, jonathan.cedernaes@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 8 oktober 2020, UFV-PA 2020/3572.