Postdoktor, computational biology - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 450 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

Arbetsuppgifter: Som bioinformatiker i gruppen ansvarar du för den informatiska delen av flera projekt. Det innebär att du tillsammans med andra gruppmedlemmar ska planera projektarbetet, utföra dataanalysen med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra på olika dataset. Ett av ansvarsområdena kommer att vara analyser av data som genereras via Illumina/Affymetrix-plattformar, i kombination med analyser av genetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Det andra ansvaret kommer att omfatta analyser av storskaliga parallella DNA-sekvenseringsdataset (exom och genom) inom ramen för olika projekt. Det tredje ansvarsområdet kommer att omfatta analyser av genuttryck (från array- och sekvensdata) samt analyser av CpG-metylom. Praktisk expertis inom nästa generation sekvensering (NGS), kvalitetskontroll av olika dataset, analyser av SNP-mutationer och gen-kopie-antal är också viktigt. Tidigare erfarenheter med Remote Shell Scripting (till Uppmax) är ytterligare fördelar.

Kvalifikationer: Dokumenterad bakgrund som bioinformatiker samt en välprövad praktisk erfarenhet (t.ex. genom publikationer). Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina SNP- och CpG- methylom arrays), särskilt inriktade på studier av strukturell variation i humant genom, värderas högt. Erfarenhet av high-performance computing i Linux/Unix-miljö (t.ex. UPPMAX), programmeringsförmåga (t.ex. i JAVA, R/Bioconductor, Pearl Python, Shell-scripting) samt kompetens att självständigt utveckla nya webbaserade plattformar för stor datasamling och analys (SQL-databaser och phpMyAdmin) är essentiell. Vidare är kunskap om webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) samt Bayesian statistics ett plus. God förmåga att kommunicera på i tal och skrift på engelska samt dokumenterad erfarenhet av undervisning på universitetsnivå värderas högt. Doktorsexamen inom området lämpligt för befattningen, såsom t.ex. molekylärbiologi, bioteknik, biomedicin eller motsvarande. Disputation ska ha ägt rum högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Meriterande: Doktorsexamen i bioinformatik, matematik eller statistik.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Ansökan får gärna skrivas på engelska och den skall innehålla CV med fullständig publikationslista och tre referenspersoner samt motivationsbrev (max. 1 sida) Hela ansökan skall skickas in i ett PDF-fil.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2021-09-15 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 2 år från startdatum.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jan Dumanski, jan.dumanski@igp.uu.se, 018-471 5035

Välkommen med din ansökan senast den 16 augusti 2021, UFV-PA 2021/2609.