Projektassistent - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. SNP&SEQ erbjuder service med moderna storskaliga metoder och applikationer inom sekvensering (NGS), SNP-genotypning och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi och industri, och även till internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen genererar plattformen >300 terabaser av sekvensdata från >20 000 prover och levererar >25 miljarder genotyper från 50 000 prover till uppdragsgivarna. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns på: https://snpseq.medsci.uu.se/.

SNP&SEQ tillhör Institutionen för medicinska vetenskaper som är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Mer om institutionens verksamhet finns på: www.medsci.uu.se.

Vi på SNP&SEQ söker nu en projektassistent som under en begränsad tidsperiod ska arbeta med basal kvalitetskontroll av sekvensdata från sekvensinstrumenten, storskalig processning och kvalitetskontroll av bearbetat sekvensdata, samt leverans av data till uppdragsgivare via datakluster. Arbetsuppgifterna kan också komma att omfatta utvecklings-, förbättrings- eller valideringsarbete i befintliga system för dataprocessning och analys.

Kvalifikationskrav:

• Universitets- eller högskoleexamen med inriktning mot, molekylärbiologi eller bioinformatik.
• Erfarenhet av användande av datorkluster för storskaliga beräkningar och dataanalys.
• Erfarenhet av dataanalys med hjälp av R-paket.
• Erfarenhet av programmering i Python.
• Erfarenhet av programmering och shell-skriptande i Linuxmiljö.
• Erfarenhet av pipelineutveckling i Snakemake.
• Erfarenhet av versionskontroll med GitHub.
• Erfarenhet av analys av data från storskalig sekvensering från olika single cell-applikationer (inklusive scRNA-seq, scATAC-seq och scWGBS).
• Erfarenhet av barkodningsstrategier för single cell-experiment.
• Mycket goda kunskaper i svenska i tal och skrift.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Vi söker en person med initiativförmåga, noggrannhet, ansvarskänsla samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp.  Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga. Då verksamheten är ackrediterad är noggrann dokumentation av det dagliga arbetet en viktig del av arbetsuppgifterna.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning tom längst 2021-11-30.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Gruppchef Johanna Lagensjö, Johanna.Lagensjo@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 7 juni 2021, UFV-PA 2021/2158.