Bioinformatiker inom reumatologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

Forskargruppen i reumatologi med inriktning mot systemisk autoimmunitet vid Institutionen för medicinska vetenskaper söker en bioinformatiker. Forskargruppen studerar inflammatoriska autoimmuna sjukdomar, såsom systemisk lupus erythematosus (SLE) och Sjögrens syndrom, vilka orsakas av att immunsystemet attackerar den egna vävnaden. Forskargruppens inriktning är translationella studier  där vi undersöker arvsmassan och celler från patienter och friska personer med syfte att klarlägga molekylära signalvägar viktiga i sjukdomsprocessen. Målet är att bidra till att ny och effektiv behandling kan utvecklas. Vi samarbetar i nationella och internationella nätverk med kliniker och forskare, men även med läkemedelsindustrin. Som bioinformatiker är Du direkt involverad i den analytiska delen av våra projekt, samt deltar i planering och uppföljning av våra studier. Vår forskargrupp erbjuder en flexibel arbetsmiljö med goda möjligheter till kompetensutveckling. För mer information om forskargruppen se: http://www.medsci.uu.se/forskning/reumatologi/.

Arbetsuppgifter: Att utföra bioinformatiska och statistiska analyser av data inom gruppens olika projekt. Du förväntas hålla dig uppdaterad vad gäller de senaste metoderna inom statistik och dataanalys.  Projekten involverar analys av flera olika typer av ”omics” data: genetiska (DNA sekvens och genotyp), DNA metylering, bulk och singelcell RNA expression och proteomik. I arbetsuppgifterna ingår planering, utveckling och genomförande av statistiska och bioinformatiska analyser, deltagande i mindre analysgrupper, sammanställning av data, samt att bidraga till skrivande och publicerande av vetenskapliga arbeten. Arbete med datahanteringslösningar/servrar ingår. Resor till samarbetspartners i och utanför Sverige förekommer, likaså kurs- och konferensresor.

Kvalifikationskrav: Civilingenjörs- eller mastersexamen inom datavetenskap, bioinformatik, molekylär bioteknik eller relaterade områden relevanta för arbetsuppgifterna, alternativt doktorsexamen i molekylär epidemiologi, medicinsk genetik, bioinformatik, biostatistik eller liknande. Goda kunskaper i statistik och användning av därtill hörande mjukvara (tex R). Goda programmeringskunskaper (t.ex. i Python, Perl eller Java) och vana att arbeta i Linuxmiljö. Dokumenterad erfarenhet av storskalig molekylär dataanalys, t ex sekvens eller SNP data. God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska samt att dokumentera sitt arbete och arbeta enlig principerna i FAIR. God förmåga att arbeta i team.

Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet, i synnerhet förmåga att arbeta tillsammans med andra bioinformatiker, forskare och läkare. Det är också viktigt att du kan arbeta självständigt och ta ansvar.

Önskvärt och/eller meriterande: Erfarenhet av att integrera stora ”omics” dataset. Erfarenhet av att utföra analyser på datakluster (t.ex. UPPMAX). Erfarenhet av att använda analyshanteringsverktyg såsom Snakemake och Nextflow samt versionshanteringsprogram som tex Git. Erfarenhet att hantera Linux servrar. Förståelse för och erfarenhet av att hantera säkerhetsaspekter som rör patientdata och genetisk information. Grundläggande kunskaper i att muntligt och skriftligt uttrycka sig på svenska.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst samt relevanta kvalifikationer. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV) med kopior av examensbevis, en lista över ev. publikationer och examensarbete samt övriga dokument som t.ex. kontaktinformation för referenspersoner. Ange tidigaste möjliga startdatum.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas. Ange löneanspråk i ansökan.

Anställningens omfattning: Heltid.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Lars Rönnblom (lars.ronnblom@medsci.uu.se), bioinformatiker Pascal Pucholt (pascal.pucholt@medsci.uu.se).

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2021, UFV-PA 2021/1281.