Postdoktor till forskning om astma hos häst med hjälp av single cell RNA-sekvensering - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

Vi söker nu en forskare på postdoktornivå till ett projekt vid SNP&SEQ-teknologiplattformen (www.sequencing.se), som är verksam vid Biomedicinskt Centrum (BMC), Uppsala universitet. SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av Genomikplattformen vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab), www.scilifelab.se, som erbjuder de allra senaste metoderna inom next generation sequencing (NGS). Plattformen består av ett multi-disciplinärt team av forskare, forskningsingenjörer, bioinformatiker och systemutvecklare. Du kommer att arbeta i vår forskning och utvecklingsgrupp där fokus ligger på att utveckla, utvärdera och implementera nya -omics teknologier för tillämpning i olika forskningsprojekt.

Projektbeskrivning: Visste du att luftvägssjukdomar är ett av hästens vanligaste hälsoproblem? Är du intresserad av att arbeta i ett forskningsprojekt vars mål är att öka kunskapen om astma hos häst? Vill du vara del i ett multidisciplinärt team med forskare i genomik, klinisk veterinärmedicin, molekylär medicin och immunologi? Vill du jobba med de senaste teknikerna inom single-cell genomik? Vi söker en postdoktor till det FORMAS-finansierade projektet: Karaktärisering av luftvägssjukdom hos häst med hjälp av transkriptomanalys i enskilda celler. I denna studie använder vi olika single-cell RNA sekvenseringstekniker för att studera immunceller i lungsköljprover samt endobronkiella biopsier provtagna från hästar med astma. Projektet bedrivs i nära samarbete med forskare på Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU) och Genomikplattformen vid SciLifeLab.

Arbetsuppgifter: Självständigt planera och driva projektet utifrån projektplanen (med stöd från projektgruppen):

• Planera och koordinera provinsamling i samråd med kliniska samarbetspartners.
• Provupparbetning och beredning av sekvensbibliotek för single cell RNA sekvensering.
• Testa och implementera nya single cell genomikmetoder och assays som är av relevans för projektets frågeställningar.
• Analysera data, självständigt eller i samarbete med bioinformatiker i gruppen.
• Skriva vetenskapliga publikationer samt presentera data och resultat på vetenskapliga konferenser och seminarier.

Arbetsuppgifterna kan komma att variera beroende på bakgrund och tidigare erfarenheter. Assistering vid provtagning av hästar kan eventuellt bli aktuellt beroende på personens intressen och bakgrund. I arbetsuppgifterna ingår även att presentera projektet populärvetenskapligt för olika intressegrupper inom hästnäringen.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen i molekylärbiologi, immunologi, molekylär medicin, genetik, bioteknik, veterinärmedicin, bioinformatik eller liknande område. Doktorsexamen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Treårsperioden kan förlängas på grund av omständigheter som sjukledighet, föräldraledighet, arbetsuppgifter i fackföreningar etc. Dokumenterad erfarenhet av biblioteksberedning samt dataanalys för Next Generation Sequencing (NGS). Dokumenterad erfarenhet av RNA-sekvensering.  Dokumenterad erfarenhet av cellhantering.

Meriterande i övrigt: Erfarenhet av något eller flera av följande:

• Single cell RNA-sekvensering
• Astmaforskning alternativt annan forskning om inflammation/allergi
• Programmering i R eller Python

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom en positiv attityd och god samarbetsförmåga.

Lön:  Individuell lönesättning.

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning 2 år enligt centralt kollektivavtal.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Amanda Raine  amanda.raine@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan, senast den 22 april 2021, UFV-PA 2021/1106.