Forskare - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter: Ansvarig för projekt gällande blodcirkulationen i normal och tumör-bärande vuxen mus alternativt vävnader från människa, med inriktning på blodkärl och blodkärlsläckage. En mycket viktig del av projektet är bioinformatiska analyser av RNA och protein från olika sekvenseringsanalyser på vävnad och celler, så kallad högdimensionell single cell teknologi.
Exempel på bioinformatiska metoder som kommer att appliceras inom projektet är dimensionsreduktion, trajektorieanalyser (pseudotime), klustring, och transkriptomanalyser så som korrelation och enrichment.
Resultat från sekvenseringsanalyser följs på olika sätt upp genom detektion av protein (antikropp) eller transcript (RNAscope) på celler och vävnader.
Vävnader/celler kan komma från grupper av patienter eller möss som behandlats eller ej i samband med olika sjukdomar som cancer.
Data-sammanställning för muntlig och skriftlig presentation.

Kvalifikationskrav:
- Doktorsexamen och postdoktoral forskningsaktivitet på internationell nivå. 
- Erfarenhet av och skicklighet vad gäller bioinformatiska analyser av vävnader och celler, ingående  kunskap om området och väl insatt i ny utveckling inom bioinformatik. - Bioinformatiska metoder som bör behärskas är datapreparering i form av kvalitetskontroll, sekvens-alignment, normalisering, skalning, och batch correction.
- Beräkningsmetoder i form av dimensionsreduktion, trajektorieanalys (pseudotime/tSpace), klustring, korrelations- och enrichmentanalys.
- Sökande bör ha goda kunskaper av programmering i R, Python och Bash-CLI, samt användning av molntjänster så som AWS-EC2 instanser.
- Sökande bör även ha erfarenhet av immundetektion och andra biokemiska/cellbiologiska metoder, samt avancerad mikroskopi och flödescytometri. 
- Vävnader/celler kan komma från grupper av patienter eller möss som behandlats eller ej i samband med olika sjukdomar som cancer. 
- Data-sammanställning för muntlig och skriftlig presentation. 
- Stor erfarenhet och skicklighet i muntlig och skriftlig presentation.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Utmärkta meriter i form av publikationer i ledande vetenskapliga tidskrifter. Stort kunnande praktiskt och teoretiskt om endotelceller och blodkärlsfunktion, i normal vävnad och i cancer.    

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2020-12-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2022-01-31 med möjlighet till förlängning.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Lena Claesson-Welsh, lena.welsh@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 3 december 2020, UFV-PA 2020/3854.