1 forskare i translationell genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. 

1 forskare i translationell genomik - Överföring av resultat från storskaliga genetiska studier för kardiometaboliska sjukdomar hos människa genom att använda zebrafisk som modellsystem.

Projektbeskrivning: Storskaliga associeringsstudier av hela genom (GWAS) har identifierat hundratals genetiska loci som är starkt associerade med kardiometaboliska riskfaktorer och sjukdomar. I de flesta fall förblir de kausala generna, d.v.s de gener som ligger bakom förändringarna, fortfarande okarakteriserade. Innan resultaten från GWAS kan översättas till klinisk användning – till exempel som nya biomarkörer eller som läkemedelsmål – måste vi identifiera och karakterisera de kausala generna i dessa loci. Den senaste utvecklingen inom CRISPR/Cas9-baserad mutagenes, high-throughput mikroskopi och bildbaserade analyser har visat att sebrafisk är ett lovande modellsystem för systematisk, storskalig, genetisk karakterisering.

Det övergripande syftet med vår forskning är att identifiera och karakterisera kausalgener i GWAS-identifierade loci (bland annat -omics ansträngningar) för kardiometaboliska riskfaktorer och sjukdomar med hjälp av sebrafiskmodellsystem.

Arbetsuppgifter: Forskarens uppgifter kommer att vara tvåfaldiga.

För det första kommer den framgångsrika kandidaten att arbeta med och bidra till projekt som syftar till att karakterisera ett stort antal kandidatgener för kardiometaboliska sjukdomar med validerade bild- och CRISPR/Cas9-baserade rörledningar. Viktiga uppgifter inkluderar: 1) designa och syntetisera CRISPR/Cas9 gRNA; 2) förbereda sebrafisklarver för avbildning; 3) avbildning larver för sjukdomsrelaterade egenskaper med användning av ett automatiserat positioneringssystem och fluorescensmikroskop; 4) bereda prover för ytterligare experiment, t.ex. biokemi, sekvensering och / eller fragmentlängd PCR-analyser; 5) objektiv kvantifiering av avbildningsdata med hjälp av befintliga rörledningar; och 6) datahantering, kvalitetskontroll och statistisk analys av data. Dessa projekt utförs av ett team bestående av en projektkoordinator, forskningsingenjörer, forskare och doktorander. Forskaren kommer att vara en viktig medlem i detta team.

För det andra kommer forskaren att vara involverad i skrivandet av manuskript för publicering i peer-granskade tidskrifter, baserade på befintliga och nya data. Forskaren förväntas också hjälpa till att utarbeta och korrekturläsa t.ex. bevilja ansökningar, etiska tillstånd för användning av laboratoriedjur och framstegsrapporter för bidrag. Forskare förväntas hålla sig à jour med fältets tillstånd, erkänna behov och möjligheter för vidare utveckling av metoder och arbeta med och / eller övervaka sådana metoderutvecklingsinsatser när det är önskvärt och genomförbart. Helgarbete kan inträffa.

Framgångsrika kandidater kommer att placeras i Marcel den Hoeds forskargrupp (http://igp.uu.se/ forskning/genetik_genomik/marcel-den-hoed/). Projektet finansieras av ett samarbete med industrin.

Kvalifikationskrav: Ansökningar accepteras från mycket motiverade kandidater med en doktorsexamen i molekylärbiologi eller liknande och minst tre års erfarenhet efter doktorand. Erfarenhet av att arbeta med CRISPR/Cas9 och automatiserad fluorescensmikroskopi är förutsättningar. En framgångsrik kandidat bör vara en målorienterad, organiserad och pålitlig lagspelare som också kan arbeta självständigt. Att kunna planera framåt och prioritera i enlighet med projektmål och tidsfrister är väsentliga egenskaper hos en framgångsrik kandidat. Det krävs goda akademiska skrivfärdigheter och en möjlighet att skriva. Grundläggande dokumenterad datahantering och NGS-dataanalysfärdigheter krävs också, liksom grundläggande biostatistikfärdigheter. Förkunskaper om och erfarenhet av zebrafiskhållning, mikroinjektioner och utveckling av bildkvantifieringsskript är meriter.

Ansökan bör innehålla ett följebrev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, dina erfarenheter av vart och ett av de krav som beskrivs ovan och din tillgänglighet. Ett CV; en lista över accepterade eller publicerade artiklar i peer-granskade tidskrifter; ett PhD-certifikat; och kontaktinformation för minst två referenspersoner bör också inkluderas. Rekommendationsbrev kan också inkluderas.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2020-08-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel den Hoed, PhD, phone +46-70-425 07 52,  marcel.den_hoed@igp.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 16 juli 2020, UFV-PA 2020/2560.