Postdoktor inom eko-evolution hos mikrobiella eukaryoter - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. För mer information se www.iob.uu.se.

Anställningen är placerad i Dr Fabien Burkis forskargrupp vid programmet systematisk biologi på institutionen för organismbiologi.

Projektbeskrivning: Hur har eukaryota organismer utvecklats över olika geologiska tidsperioder och mellan vitt skilda geografiska områden? Inom detta projekt vill vi få ökad insikt i dessa breda och viktiga frågor genom att kombinera makroevolution med makroekologi. Genom att söka mönster och kontaktytor inom den mikrobiella eukaryota artrikedomen vill vi hitta de strukturer och processer som denna artdiversitet har sitt ursprung i. Den organismgrupp som detta arbete kommer att fokusera på, är encelliga eukaryota organismer (protister), vilka representerar den mest omfattande eukaryota diversitet som vi känner till i alla typer av miljöer.

Under det sista årtiondet har studier av artdiversitet och utbredningen inom och mellan grupper av olika protister dramatiskt förbättrats genom metabarcoding där höga provflöden kunnat processas. Vi har inom våran forskningsgrupp utvecklat nya angreppsätt där långsträngad gensekvensavläsning (long-read sequencing, PacBio) kan generera längre sekvenser (~5000bp) direkt från miljöprover. (Jamy et al. 2019. Long‐read metabarcoding of the eukaryotic rDNA operon to phylogenetically and taxonomically resolve environmental diversity. Mol Ecol Resour). Dessa källor ger oss nya verktyg att klarlägga viktiga evolutionära och ekologiska frågor, särskilt om de kombineras med den större bredd av sekvens data som redan idag finns tillgänglig i form av kortsträngade gensekvensavläsningar. Inom detta projekt kommer stora mängder data att analysera från prover som redan samlats in från ett vitt skilda miljöer (marina områden, sötvatten, tropiska och boreala skogar etc.).

Arbetsuppgifter: Huvuddelen av arbetet kommer att fokuseras på bioinformatik av naturliga skäl, eftersom arbetet omfattar data som redan finns framtaget eller som kommer att vara tillgängligt när denna tjänst är tillsatt. Av denna anledning kommer de viktigaste arbetsuppgifterna vara att, genomföra bioinformatiska analyser inom ramen för detta projekt samt att sammanställa och redovisa resultaten muntligt och i skrift genom vetenskapliga publikationer. Viktigt att notera är att även om de yttre ramarna för tjänsten är definierad så uppmuntras till aktivt deltagande och fristående arbete samt egna initiativ till diskussioner och konsultation med handledaren. Arbete omfattar också att instruera andra medarbetare inom forskningsgruppen samt hjälpa och bistå i andra uppgifter relaterade till forskningsgruppen.

Kvalifikationskrav: För anställning som postdoktor ska du ha doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i biologi eller liknande. Examen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan examen vara äldre än tre år. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Vi söker en starkt motiverad, entusiastisk och arbetsvillig individ med mycket god akademisk kompetens inom området for (mikrobiell) eukaryot utveckling och/eller ekologi. Den person vi söker är utåtriktad och samarbetsvillig och kan arbete både självständigt och i grupper. Dokumenterade erfarenhet från analyser av ”high throughput metabarcoding” data med ursprung i miljö DNA prover samt från fylogenetiska analyser är ett krav. Erfarenheter från bio-geografiskt och fylo-geografiskt arbete är önskvärt. Likaså är personen vi söker van vid att jobba med Bayesian metodik för att karakterisera evolutionära processer. Andra egenskaper som vi söker är skicklighet i arbete med kommandorader och avancerade kunskaper i åtminstone ett skriptprogrammerings språk samt R. Flytande i engelska både tal och skrift. 

Önskvärt/meriterande i övrigt: Även om denna tjänst fokuserar på bioinformatiska metoder, är också kunskaper i visualisering teknik för att åskådliggöra artdiversiteten i miljön önskvärda. Härmed avses arbete och egen erfarenhet från fluorescens in-situ hybridisering metodik (FISH) vilket också ses som en merit för ansökan.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2020-06-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning i två år enl centralt kollektivavtal.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Fabien Burki, telefonnummer +46 18 471 2779, e-post fabien.burki@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 10 april 2020, UFV-PA 2020/901.