Postdoktor i experimentell cellbiologi och high-content imaging av patientbaserade modeller för kolorektalcancer - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du arbeta med forskning, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som Postdoktor vid institutionen farmaceutisk biovetenskap på Uppsala universitet.

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap är en interdisciplinär miljö där 10 forskningsområden arbetar för att bidra till bättre läkemedel och en friskare värld. Med laboratorier i hjärtat av Uppsala Biomedicinskt Centrum och Sveriges enda Farmaceutiska fakultet utgör vi en vital motor i utvecklingen av utbildning och forskning inom de farmaceutiska vetenskaperna. Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på www.farmbio.uu.se.

Om anställningen

Vi erbjuder en tvåårig postdoktoranställning inom mikroskopi och experimentell cellbiologi, med fokus på bildbaserad morfologisk profilering av patienthärledda 3D-modeller av kolorektalcancer.

Tjänsten är en del av projektet ERKetype, ett europeiskt samarbetsprojekt som syftar till att utveckla digitala tvillingar som komplexa biomarkörer för behandling riktad mot ERK-signalering. Denna roll är central i projektet: du kommer att generera de morfologiska profileringsdata som ligger till grund för dessa komplexa biomarkörer med hjälp av Cell Painting, en avancerad multiplex fluorescensbaserad bildanalysmetod anpassad för 3D-kulturer i laboratoriet. Genom konsortiet har resultaten potential att implementeras i kliniska prövningar.

Du kommer att arbeta i en starkt tvärvetenskaplig miljö som spänner över onkologi, cellbiologi, bildanalys, bioinformatik och maskininlärning, med tillgång till toppmodern infrastruktur för robotiserad vätskehantering, läkemedelsscreening och high-content-mikroskopi i laboratoriet. Vi har ett omfattande bibliotek av befintliga bildanalys-pipelines samt tillgång till en storskalig data- och analysinfrastruktur, vilket ger en stark grund för arbetet. Projektet erbjuder en unik möjlighet att fördjupa din kompetens i gränslandet mellan cellbiologi och dataanalys och att omsätta bildbaserade data till biologiskt meningsfulla insikter.

Tjänsten erbjuder goda möjligheter att bygga en stark och självständig forskningsprofil, medverka i handledning av studenter, bidra till ansökningar om forskningsmedel och utveckla ditt vetenskapliga ledarskap. Du kommer att vara en del av en dynamisk forskningsmiljö i Uppsala med starka kopplingar till nationella och internationella forskningsnätverk.

Arbetsuppgifter

Du kommer att driva utvecklingen och tillämpningen av 3D Cell Painting på primära patientmodeller såsom sfäroider och organoider, med utgångspunkt i den single-cell-upplösta metod som redan etablerats i laboratoriet. Ett centralt vetenskapligt mål är att undersöka om morfologiska profiler från patientmodeller inom kolorektalcancer kan förutsäga vilka patienter som svarar respektive inte svarar på läkemedelsbehandling och därigenom möjliggöra patientstratifiering.

Specifikt kommer du att:

• Genomföra experiment och analyser av både etablerade och experimentella cancerläkemedel i patienthärledda kolorektala cellmodeller med hjälp av laboratoriets robotiserade high-throughput-infrastruktur.
• Extrahera och analysera multivariata bildfeatures från high-content-mikroskopi för att identifiera morfologiska markörer som skiljer responderande från icke-responderande modeller.
• Bidra till att utveckla och underhålla robusta bildanalys-pipelines för high-content-bilddata.
• Följa och bidra till utvecklingen inom 3D-baserad morfologisk profilering.
• Publicera resultat i vetenskapliga tidskrifter med peer review samt bidra till populärvetenskaplig kommunikation.
• Delta i internationella aktiviteter såsom konferenser och forskningsvistelser.
• Medverka i handledning av studenter samt ge råd kring metodik och vetenskapligt skrivande.

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen inom ett relevant område med en profil som kombinerar experimentellt laboratoriearbete och kvantitativ dataanalys. Vi välkomnar särskilt kandidater med bakgrund inom cancerbiologi, cellbiologi, biomedicinsk teknik eller beräkningsbiologi som arbetat i gränslandet mellan dessa områden.
• Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare.
• Minst 3 års praktisk erfarenhet av cellodling och kvantitativa cellbaserade analyser.
• Erfarenhet av 3D‑kultur av sfäroider eller organoider, eller liknande modeller.
• Erfarenhet av high‑content fluorescensavbildning, automatiserad mikroskopi och bildanalys.
• Erfarenhet av multivariat analys i Python, R eller motsvarande.
• Minst en förstaförfattarpublicering i en peer‑review‑granskad tidskrift.
• Goda samarbetsförmågor och erfarenhet av att arbeta över forskargrupper eller institutioner.
• Utmärkt kommunikationsförmåga i skriftlig och muntlig engelska, liksom god dokumentationsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Cell Painting eller motsvarande morfologiska profileringsmetoder.
• Kolorektal cancerbiologi eller translationell onkologi.
• Laboratorieautomation och höggenomströmningsplattformar (t.ex. pipetteringsrobotar, Echo, iDot, automatiserade vätskehanteringssystem).
• Bildanalysverktyg såsom CellProfiler, CellPose eller Fiji.
• Immunocytokemi.
• Erfarenhet a Jupyter‑notebooks och versionshantering med git.
• High-throughput-läkemedelsscreening i 384-brunnsplattor
• Extracellulära matrixsubstrat såsom Matrigel eller alternativ.

Om anställningen

Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen är heltid. Tillträde 26-06-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Ola Spjuth, e-post: Ola.Spjuth@uu.se  och 1:e forskningsingenjör Christa Ringers e-post christa.ringers@uu.se

För frågor runt anställningen administrativ chef Marina Rönngren, e-post marina.ronngren@.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 13 maj april 2026, UFV-PA 2026/1112