Doktorand i evolutionär genomik och beteendeekologi

Doktorand i evolutionär genomik och beteendeekologi

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med personal och studenter från hela världen.  Vår forskning omfattar allt från evolutionär ekologi och genetik till studier av ekosystem. Se vidare www.ieg.uu.se.

Vi söker nu en doktorand i i evolutionär genomik och beteendeekologi, med fokus på den neurala och genomiska grunder för parningsbeteende variation hos skräddare till programmet för Evolutionsbiologi.

Projektbeskrivning
Hur har nervsystem utvecklats för att ge upphov till beteendemässig variation? Detta projekt undersöker de molekylära och neurala mekanismer som ligger bakom diversifieringen av parningsbeteenden, med skräddare som modellsystem. Flera arter inom denna grupp har oberoende av varandra utvecklat en parningsstrategi där hanar försvarar revir och använder vågrörelsesignaler på vattenytan för att uppvakta honor, vilka aktivt utvärderar potentiella partners kvalitet. Denna naturliga variation utgör en kraftfull modell för att klarlägga hur genreglering i hjärnan driver beteendemässig innovation.

Doktoranden kommer att arbeta inom Alberto Corral‑Lópezs forskargrupp vid Institutionen för ekologi och genetik. Tjänsten är fullt finansierad under fyra år. Mer information om forskargruppen finns på: https://www.uu.se/institution/ekologi-och-genetik/forskning/evolutionsbiologi/corral-lopez-grupp

Ett centralt mål med doktorandprojektet är att utveckla och optimera ett djupinlärningsbaserat system för kvantifiering av beteenden, som kommer att fungera som en metodologisk kärnresurs för efterföljande forskning inom programmet. Skräddare är särskilt väl lämpade för detta ändamål, eftersom deras livsmiljö är begränsad till vattenytan, vilken enkelt kan återskapas i laboratoriemiljö. Deras rörelsemönster är huvudsakligen tvådimensionella, vilket lämpar sig väl för automatiserad beteendespårning.

Doktoranden kommer att utvärdera tillgängliga verktyg och etablera ett validerat och återanvändbart protokoll för individuell beteendepoängsättning över flera experiment och arter. Med denna metodplattform som grund kommer doktoranden att genomföra beteendeexperiment där miljökontexten manipuleras, och kombinera dessa data med transkriptomiska analyser av hjärnan för att identifiera genuttrycksmönster kopplade till flexibla parningsbeslut. Detta integrerade angreppssätt förväntas ge ny kunskap om hur nervsystemet reglerar kontextberoende beteenden, samt hur genreglering har utvecklats för att generera divergerande parningsfenotyper mellan arter.

Arbetsuppgifter
Doktoranden kommer att ansvara för följande arbetsuppgifter, där tyngdpunkten kommer att variera under anställningens fyra år:

• Utvärdera, implementera och optimera ett djupinlärningsbaserat system för beteendespårning, anpassat till skräddares parningsbeteenden.
• Planera och genomföra beteendeexperiment, inklusive individuell märkning av djur, högupplöst videoinspelning samt datainsamling under varierande sociala miljöer.
• Bearbeta beteendevideodata till kvantitativa sammansatta mått som fångar centrala aspekter av parningsstrategier.
• Ansvara för skötsel av laboratoriekolonier av skräddare och vid behov medverka i djurhållning.
• Bidra till efterföljande bioinformatiska analyser, inklusive analyser av differentierat genuttryck och samuttrycksnätverk baserade på bulk RNA‑sekvenseringsdata.
• Utföra dissektion av hjärnvävnad och medverka i molekylärbiologiskt laboratoriearbete i nära samarbete med forskargruppen.
• Presentera forskningsresultat vid gruppmöten, nationella och internationella konferenser samt bidra till framställning av vetenskapliga publikationer.

Utbildning i dissektionstekniker, molekylärbiologiska laboratoriemetoder, bioinformatik samt vetenskapligt skrivande kommer att ges inom ramen för anställningen. I senare skeden av projektet kommer doktoranden även att ges möjlighet att delta i kompletterande analyser, såsom single‑cell‑transkriptomik och jämförande genomik. Dessa analyser delar en multivariat analytisk ram med kärnprojektet och kommer att bredda doktorandens kompetens inom genomik.

Doktorander vid Institutionen för ekologi och genetik uppmuntras att delta i undervisning. Undervisningen kommer normalt inte att överstiga 20 procent av heltid och består huvudsakligen av uppgifter som amanuens inom grundutbildningen. Vi förväntar oss att den sökande aktivt deltar i den dagliga aktiviteterna inom forskargruppen samt vid institutionen och forskarutbildningsprogrammet.

Kvalifikationskrav
För att uppfylla behörighetskraven för utbildning på forskarnivå ska den sökande:

• avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, ekologi, etologi, evolutionsbiologi eller ett närliggande område. Kandidater som ännu inte har avslutat sin examen men förväntas uppfylla examenskraven före tillträdesdatum uppmuntras att söka.
• fullgjort minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Den sökande bör ha starka kvantitativa och beräkningsmässiga färdigheter, inklusive dokumentarad erfarenhet med R och/eller Python, samt ett genuint intresse för att tillämpa dessa färdigheter på biologiska frågeställningar. En god teoretisk grund inom evolutionsbiologi eller djurbeteende förväntas. Tidigare erfarenhet av arbete med försöksdjur är inte ett krav; utbildning kommer att ges och arbetet sker i samarbete med erfaren personal. Nyfikenhet och ett genuint engagemang för djurvälfärd är dock av stor vikt.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom intellektuell nyfikenhet, initiativförmåga, kreativ problemlösning samt förmåga att arbeta självständigt och samtidigt fungera väl i en samarbetsinriktad forskningsmiljö. Den idealiska kandidaten motiveras av öppna tekniska utmaningar och ser metodutveckling som en möjlighet snarare än ett hinder. Kandidaten ska ha mycket god förmåga att uttrycka sig på engelska i såväl tal som skrift.

Meriterande
Följande färdigheter och erfarenheter är meriterande men inte ett krav:

• Tidigare erfarenhet av datorseende, programvara för videobaserad beteendespårning eller djupinlärningsverktyg som är vanligt förekommande inom området (t.ex. DeepLabCut, DeepEthogram, idtracker.ai, SLEAP, simBA, TRex eller liknande).
• Erfarenhet av analys av RNA‑sekvenseringsdata, inklusive bearbetning av data och analys av differentierat genuttryck.
• Erfarenhet av design och genomförande av beteendeexperiment i laboratoriemiljö med djur.
• Bakgrund inom insektsbiologi eller beteendeekologi.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2026-09-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av
Forskare, Gruppledare, Alberto Corral-López, alberto.corral@ebc.uu.se.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kort beskrivning av din utbildning, 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella vetenskapliga publikationer samt länkar till öppna kodarkiv (t.ex. GitHub), om tillämpligt. Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 28 maj 2026. UFV-PA 2026/1169