Doktorand i Evolutionär ekologi och genomik

Doktorand i evolutionär ekologi och genomik med inriktning mot amfibiers hudmikrobiom

Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik

Institutionen för ekologi och genetik vid Uppsala universitet är en del av Evolutionsbiologiskt centrum (EBC), en ledande internationell forskningsmiljö inom ekologi, evolution och biodiversitetsforskning. Institutionen samlar forskare och studenter från hela världen och bedriver forskning som spänner från evolutionär ekologi och genetik till ekosystemstudier. Läs mer på www.ieg.uu.se.

Vi utlyser nu en doktorandanställning i evolutionär ekologi och genomik, med fokus på biodiversitet och evolution av amfibiers hudmikrobiom, inom forskningsprogrammet Zooekologi vid Institutionen för ekologi och genetik.

Projektbeskrivning

Hur mikrober påverkar värdorganismers ekologi och evolution är en grundläggande fråga inom biologin. Mikrobiomet kan ha starka effekter på värdens beteende, hälsa och immunförsvar. Vid förändrade temperaturer kan värdpopulationers hälsostatus påverkas av deras mikrobiom. Storskaliga studier har visat att sammansättningen av amfibiers hudmikrobiom varierar längs latitudinella gradienter, och att mikrobiomet kan störas av temperaturförändringar och infektioner. Trots detta är omfattande studier av mikrobiominteraktioner hos vilda amfibier fortfarande sällsynta, både i Sverige och globalt.

Doktoranden kommer att arbeta i projektet “Amphibian skin microbiomes and infection diseases” i forskargruppen ledd av Maria Cortazar Chinarro vid Institutionen för ekologi och genetik. Anställningen är fullt finansierad i fyra år. Mer information om forskningen finns här: https://www.uu.se/institution/ekologi-och-genetik/forskning/zooekologi/cortazar-chinarros-grupp

Projektet syftar till att undersöka hudmikrobiomens diversitet och sammansättning inom och mellan populationer, på regional nivå och längs breda latitudinella gradienter. Högkvalitativa metagenomiska resurser från både vanliga och hotade amfibiearter kommer att genereras för att kartlägga fylogenetiska relationer och undersöka hur värdens evolutionära historia, genetisk variation, abiotiska miljöfaktorer och infektionssjukdomar formar interaktionerna mellan värd och hudmikrobiom.

För att undersöka dessa samband kommer projektet att karakterisera hudmikrobiomet — inklusive bakterier, virus, svampar och protister — med en integrerad metodik som kombinerar metabarkodning, metagenomik och populationsgenomiska analyser.

Under doktorandutbildningen kommer studenten att arbeta med ett brett spektrum av bioinformatiska metoder och sekvenseringstekniker, såsom ampliconanalys, shotgun-metagenomik och metatranskriptomik. Projektet innefattar även omfattande fältarbete och molekylärbiologiskt laboratoriearbete för att generera högkvalitativa sekvenseringsdata.

Arbetsuppgifter

I början av doktorandprojektet ansvarar doktoranden för att organisera, samordna och genomföra fältarbete på regional och större geografisk skala, samt för molekylärt laboratoriearbete. Detta inkluderar DNA- och RNA-extraktioner samt förberedelse av prover för sekvensering, såsom konstruktion av amplicon- och metagenombibliotek för kortläsningssekvensering (Illumina) och långläsningssekvensering (PacBio/Nanopore).

I projektets senare faser, beroende på mängden genererade högkvalitativa data, tillgång till befintliga patogenresurser och studentens intressen, kan projektet utökas till att undersöka nyuppkomna sjukdomar och utveckla tekniker för att upptäcka dem i vilda amfibiepopulationer.

Doktorander vid IEG uppmuntras att delta i undervisning. Omfattningen och innehållet beror på tillgång till undervisningsuppdrag och studentens intressen, men överstiger i regel inte 20 % av heltid och består främst av undervisningsassistans i grundutbildningskurser inom biologi.

Doktoranden förväntas aktivt delta i forskargruppens dagliga verksamhet samt i programmets och institutionens aktiviteter, såsom seminarier, interna möten och konferenser.

Kvalifikationskrav

För att uppfylla behörighetskraven för forskarutbildning måste du:

• ha en masterexamen (avancerad nivå) i ekologi, evolutionsbiologi, naturvårdsbiologi eller ett närliggande område, eller
• ha fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 hp på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 hp, eller
• på annat sätt ha förvärvat motsvarande kunskaper.

Den sökande ska ha en masterexamen i evolutionär ekologi eller ett närliggande område, med stark bakgrund inom värd–parasit-evolution och genomik. Erfarenhet av bioinformatiska analyser, inklusive populationsgenomik och metagenomik, är ett krav, liksom dokumenterad erfarenhet av molekylärbiologiska laboratoriemetoder och arbete med högkapacitetssekvensering. B-körkort är obligatoriskt eftersom tjänsten innefattar fältarbete på platser som inte alltid nås med kollektivtrafik.

Meriterande kvalifikationer

Erfarenhet av mikrobiomanalyser och ekologiskt fältarbete är meriterande. Projektets samarbetsinriktade natur gör att vi värdesätter god samarbetsförmåga, kommunikation och social kompetens. Vi värdesätter även personliga egenskaper såsom nyfikenhet, initiativförmåga, ansvarstagande och förmåga att arbeta både självständigt och i grupp.

Ytterligare erfarenhet, såsom experimentell evolution med infektionssjukdomar, ses som meriterande.

Anställningsvillkor

Anställningen är en tidsbegränsad doktorandanställning enligt Högskoleförordningen 5 kap. 7 §. Omfattning: heltid. Startdatum: 2026-10-01 eller enligt överenskommelse. Placering: Uppsala.

Kontaktperson

Forskargruppsledare Maria Cortazar Chinarro E-post: maria.cortazar@ebc.uu.se

Ansökningsinstruktioner

Ansökan ska innehålla 1) Ett personligt brev där du beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför du är lämplig för tjänsten (max 2 sidor), 2) CV, 3) Kort beskrivning av din utbildning, 4) Kopia av masterexamen och kursbetyg samt kopia av masteruppsatsen, 5) Namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-post och telefonnummer), 6) Eventuella publikationer.

Ansökan ska vara skriven på engelska.

Välkommen med din ansökan senast 8 maj 2026. UFV-PA 2026/844.