Forskare inom genomik

Vill du arbeta med genomik, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som forskare på Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är organiserad i sju forskningsprogram som fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: Beräkningsbiologi och bioinformatik, Mikrobiologi och immunologi, Molekylärbiologi, Molekylär biofysik, Molekylär evolution, Molekylära systembiologi och Strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden för vår verksamhet ligger i biologin, men vår forskning överlappar även med områden som medicin, datavetenskap, matematik, kemi, teknisk vetenskap och fysik. Totalt är vi över 200 anställda och cirka 60 doktorander. Läs mer om institutionens verksamhet på https://icm.uu.se. 

Denna forskartjänst är inom programmet för Molekylär Evolution och kommer att handledas av Courtney Stairs. Varje ekosystem på vår planet består av ett komplext samhälle av organismer. Ekosystemens funktion är ofta beroende av interaktioner - eller symbioser - mellan medlemmarna i samhället. I den mikrobiella världen är symbiotiska interaktioner ofta baserade på syntrofi (dvs. en typ av mutualistisk symbios där näringsämnen utbyts mellan organismer för att möjliggöra metabolisk arbetsfördelning). Detta är vanligt mellan prokaryoter i syrefattiga miljöer och utgör viktiga drivkrafter för vitala globala biogeokemiska kretslopp av till exempel kol, kväve och svavel. Huruvida liknande roller kan tillskrivas protister som lever i dessa miljöer är fortfarande oklara på grund av vår begränsade förståelse av anaeroba eukaryoters biologi, syntrofisk potential och metabolism.  

Arbetsuppgifter

Arbetet fokuserar på utveckling av genomiska verktyg för att studera enskilda protistceller. Några av de planerade metoderna inkluderar odling av anaeroba protister, bioinformatisk analys, långlässekvensering med ONT, miljöprovtagning, 18S-metabarkodning, metagenomik och fylogenetisk analys.

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i biologi med inriktning mot genomik.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift.
• Dokumenterad erfarenhet av helgenomsekvensering av icke-modellorganismer, inklusive anrikning av eukaryota celler, extraktion av DNA med hög molekylvikt samt förberedelse av DNA-library.
• Erfarenhet av långlässekvensering (ONT)  för helgenom- och metagenomforskning, inklusive basecalling och utvärdering av datakvalitet.
• Dokumenterad erfarenhet av evidensbaserad de novo-genomannotering för icke-modellorganismer, med integrering av transkriptom- och proteinhomologievidens.
• Vana att arbeta i Linux-baserade miljöer och på högpresterande beräkningskluster, med god kunskap i Bash/awk, Python och R samt erfarenhet av arbetsflödesutveckling (Snakemake) och samarbetsinriktad kodhantering via GitHub för reproducerbar och delbar forskning.
• Erfarenhet av arbete under anaeroba förhållanden, inklusive hantering av prokaryoter och protister.
• Goda meriter av publicering i peer-reviewed vetenskapliga tidskrifter.
• Förmåga att arbeta effektivt både självständigt och som en del av ett team.
• Förmåga att organisera resurser, planera och utveckla arbetsaktiviteter samt hålla deadlines på ett konsekvent och effektivt sätt.
• Förmåga att kommunicera vetenskapliga resultat och kunskap till icke-specialister och studenter.
  
  

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Dokumenterad erfarenhet av jämförande genomik av cellbiologiska egenskaper.
• Dokumenterad erfarenhet av att designa utvärderingsramverk utan referens för att bedöma genommonteringens fullständighet, noggrannhet och annoteringskvalitet.
• Erfarenhet av miljöprovtagning, 18S-metabarkodning och metagenomanalyser.

Ansökan

Ansökan kan skrivas på svenska/engelska och ska innehålla;

• CV inkl. kontaktuppgifter till minst två referenser och publikationslista (max 5 sidor)
• Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa.

Om anställningen

Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är heltid. Tillträde 2026-03-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Courtney Stairs courtney.stairs@icm.uu.se 

I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen.

Välkommen med din ansökan senast den 21 november 2025, UFV-PA 2025/3409.