Doktorand till forskargruppen i Radiologisk bildanalys

Enheten för Radiologi vid institutionen för kirurgiska vetenskaper, Uppsala universitet, bedriver forskning, fördelat på ett antal forskargrupper, inom utveckling och tillämpning av bildgivande och funktionella diagnostiska metoder. Dessa metoder används i allt från experimentell forskning till kliniska studier på patienter och storskaliga epidemiologiska studier på frivilliga. I forskargrupp Radiologisk bildanalys har vi specialiserat oss på avancerade bildanalysmetoder för forskningsapplikationer kopplat till metabol och kardiovaskulär sjukdom samt cancer. Gruppens medlemmar har tvärvetenskaplig bakgrund och kompetens för att frammana teknisk spetsforskning med hög klinisk relevans.

Projektbeskrivning
Bildalstrande metoder som magnetisk resonanstomografi (MRI) datortomografi (CT) och positronemissionstomografi kombinerat med CT (PET/CT) används rutinmässigt inom sjukvården för att diagnosticera och följa olika tillstånd och behandlingar. Manuell visuell inspektion av, eller mätningar från, den omfattande bildinformationen kräver dock stor noggrannhet och är därför tidsödande.

Idag samlas detaljerad bildinformation in från MRI- och CT-system i stor skala i olika kohortstudier, ofta tillsammans med data även från klinik, genomik, proteomik och metabolomik. Vår forskargrupp har utvecklat ett flertal avancerade metoder för integrerad analys av den detaljerade bilddatan och all övrig insamlad information. Teknikerna inkluderar bildregistrering, segmentering och regression/klassificering, ofta med hjälp av djupinlärningstekniker.

Vi har tillsammans med experter inom epidemiologi, genetiska och multi-omics analyser beviljats ett anslag från DDLS inom området datadriven precisionsmedicin och diagnostik (se nedan). Projektet har titeln: Causes and consequences of whole-body composition using imaging, genetic, proteomic and metabolomic data. 

Nu söker vi en doktorand till DDLS forskarskola!

Arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att studera hur kroppens sammansättning, i olika organ och vävnader, är relaterad till diabetes och hjärt-kärlsjukdomar. Detta kommer att uppnås genom att använda detaljerade bild-, genetik-, proteomik- och metabolomik-data, som samlats in bland annat i studierna UK Biobank och SCAPIS, samt genom att kombinera datadriven bildanalys med multiomik- och genetiska analyser av orsakssamband.

Inom projektet kommer utveckling och tillämpning av bildanalysmetoder som integrerar bild- och icke-bilddata för nämnda storskaliga studier att ske.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

- avlagt examen på avancerad nivå inom ett ämnesområde som arbetsgivaren bedömer som relevant (se nedan), eller
- fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
- på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För denna position skall den sökande inneha civilingenjörs- eller masterexamen inom molekylär bioteknik, bioinformatik, datavetenskap eller annat område som arbetsgivaren bedömer som relevant för doktorandanställningen. Goda kunskaper i engelska i både tal och skrift är ett krav. Sökande ska kunna undervisa på engelska.

Önskvärt/meriterande
En stark bakgrund inom biologi, programmering eller matematik är meriterande. Kunskaper inom medicinsk bildbehandling, bildregistrering, samt storskaliga analyser av genetisk (inklusive mendelsk randomisering), protein- eller metabolit-information anses också meriterande för anställningen.

Allmän beskrivning av DDLS programmet
Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information se: https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsa. Forskning inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), avbildningstekniker, elektroniska hälso- och sjukvårdsdata, longitudinella patient- och befolkningsregister och biobanker.

Ansökan tas emot via universitetets elektroniska rekryteringssystem. Den ska innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, eventuella publikationer och en kort beskrivning av dina forskningsintressen. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner och/eller bifogar rekommendationsbrev.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om doktorandplatsen lämnas främst av professor Joel Kullberg, joel.kullberg@uu.se.
För anställningsfrågor kontakta HR-samordnare Higran Saghir, higran.saghir@uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 19e maj 2025, UFV-PA 2025/1241.