Postdoktor inom multi-omik och maskininlärning tillämpat på forskning om astma hos häst

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

Är du intresserad av att arbeta inom ett av världens snabbast växande teknologiområden? Vi söker nu en driven forskare på postdoktornivå till forskargruppen för molekylär precisionsmedicin vid institutionen för medicinska vetenskaper som är verksam vid Biomedicinskt Centrum (BMC). Forskargruppen studerar olika sjukdomar med hjälp av storskaliga genetiska metoder (https://www.medsci.uu.se/research/mpm/research-projects/). Genom nära samarbete med kliniska forskare vid Akademiska sjukhuset i Uppsala och SLU har vår forskargrupp tillgång till unika provsamlingar och klinisk patientinformation. Ett nära samarbete med den nationella infrastrukturen för genomik (National Genomics Infrastructure, NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab), ger forskargruppen tillgång till nästa generationens sekvenseringsteknologi (NGS, https://ngisweden.scilifelab.se/).

Det aktuella projektet fokuserar på analys av lungprover från hästar med astma och friska kontroller med hjälp av olika omik-tekniker. Det övergripande målet är att ta steget mot precisionsmedicin inom hästastma (som är ett utbrett hälsoproblem hos häst), definiera subtyper/endotyper av sjukdomen, förbättrad diagnostik, och prediktion av behandlingssvar, samt undersöka lämpligheten av hästastma som en stor djurmodell för astma. Vi deltar också i en studie där effekter av träning i stark kyla undersöks i luftvägar på travhästar.

Finansierat av FORMAS är detta projekt ett samarbete med ledande veterinärexperter inom hästastma vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) och Köpenhamns universitet. Din roll kommer att vara att utnyttja och integrera olika omik-dataset för studier av hästastma. Du kommer att ingå i forskargruppen för molekylär precisionsmedicin vid Uppsala universitet, där pågående forskningsprojekt även inkluderar studier som fokuserar på storskaliga datastudier av leukemi och utveckling av genomikteknologi. Även om det primära fokuset kommer att vara hästastma, kommer det att finnas gott om möjligheter att definiera egna forskningsfrågor inom projektet samt samarbeta med andra experter inom bioinformatik och molekylärbiolog i gruppen.

Arbetsuppgifter 

• Analysera multiomik-data (transkriptomik (bulk och scRNA), epigenomik, proteomik, metabolomik, etc.) från lungprover från hästar.
• Utveckla och tillämpa maskininlärningsmodeller för att identifiera sjukdomssubtyper och förutsäga behandlingssvar.
• Samarbeta med veterinärexperter och bioinformatiker/ beräkningsbiologer inom vår grupp och andra institutioner/universitet.
• Skriva vetenskapliga artiklar och presentera projektet vid vetenskapliga möten och konferenser.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi eller ett relaterat område eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom något av dessa områden. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

• Erfarenhet av storskalig dataanalys och relevanta programmeringsspråk (t.ex. Python, R).
• Hantering av stora dataset i LINUX/UNIX miljö
• Erfarenhet av att arbeta med storskalig DNA- eller RNA-sekvensering.
• Utmärkta kommunikations- och samarbetsförmågor.
• Goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av integration av multiomik-data och/eller maskininlärning kommer att betraktas som en merit

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i två  år enligt centralt kollektivavtal, med eventuell möjlighet till förlängning ytterligare högst ett år. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Amanda Raine, amanda.raine@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 18 september 2024, UFV-PA 2024/2766.