Uppsala universitet, Institutionen för kemi - BMC

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen möjlighet att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår hemsida

Vi erbjuder en stimulerande, vänlig och tvärvetenskaplig arbetsmiljö, med utmärkta arbetsvillkor och spetsforskningsprojekt inom beräkningsbiokemi samt möjlighet att bidra med och utveckla dina idéer. Vi arbetar i internationella team och flexibla arbetstider och alternativ för hemmakontor.

Dessutom kommer kandidaten att vara involverad i ett EU-projekt, iSenseDNA, finansierat inom ramen för EIC-pathfinder Open of Horizon Europe.

Projektbeskrivning
Tillsammans med det internationella och multidisciplinära teamet av forskare, syftar iSenseDNA till att utveckla DNA-nanotransduktorer, genom att utnyttja aktiviteten hos konstruerade topoisomeraser. De skräddarsydda DNA-nanotransduktorerna kommer att användas för både detektion och konformationsanalys av molekylär dynamik i en funktionell enhet. iSenseDNA kommer att använda bioinformatiska tillvägagångssätt för att förutsäga 3D-strukturen av konformationstillstånd som modellerar realtidsutvecklingen av interagerande DNA-NT och proteiner, och maskininlärningsmodeller (ML) för att direkt länka den atomistiska strukturen, konformationstillståndet och dynamiken, tillsammans med den optiska bedömning av protein-DNA-NT-interaktion med hjälp av linjära och "On-chip" icke-linjära spektroskopier för att detektera vibrationssignaturerna hos organiska molekylära system, och känna igen de strukturella förändringarna i den optiska signalen i realtid. Vår grupp, med expertis inom enzymevolution och struktur-funktion-dynamiska relationer i biomolekylära system, kommer att fokusera på beräkningsmodellering av topoisomeraser för att utveckla en "nästa generations klass av enzymer". Detta för att producera skräddarsytt DNA-NT och studera dynamiken hos interaktionsproteiner-DNA-NT, med användning av ett brett utbud av beräkningstekniker, exempelvis simuleringar av molekyldynamik, beräkningar av fri energi och olika förbättrade provtagningsmetoder.

Mer information om projektet kommer att lämnas på begäran.

Om du vill läsa mer om projektet och gruppen följ dessa länkar: https://www.isensedna.eu och https://kamerlinlab.com

Arbetsuppgifter
Ur ett vetenskapligt perspektiv kommer denna position att involvera beräkningsintegrering av simulerings- och experimentdata med användning av en rad molekylära simuleringsverktyg, inklusive både konventionella och förbättrade molekylära dynamiksimuleringar, empiriska valensbindningar och QM / MM-simuleringar, fri energiberäkningar för att föreslå en eller flera punktmutationer, samt bioinformatiska verktyg för strukturell förutsägelse. Det kommer också att innehålla resor till konferenser och projektmöten med samarbetspartners samt deltagande i uppsökande projektaktiviteter. Du förväntas att ta ansvar för genomförandet av ditt projekt och att bidra kreativt till vårt teams forskningsprogram.

Kvalifikationskrav
För att kvalificera sig för en anställning som forskare måste du ha en doktorsexamen eller en utländsk examen motsvarande en doktorsexamen i STEM eller en utländsk examen motsvarande en doktorsexamen i STEM. Examen ska vara avlagd vid tidpunkten för anställningsbeslut. Ytterligare arbetserfarenhet inom området proteinteknik och 3D-strukturförutsägelse anses vara avgörande för rollen.

Dessutom lägger vi stor vikt vid personliga egenskaper som kreativitet, entusiasm och flexibilitet samt positiv inställning till att arbeta i team. Den sökande kommer att ansvara för en del av ett stort och utmanande projekt och det krävs förmåga att arbeta självständigt och ta ansvar.

Kandidater måste kunna uttrycka sig mycket väl i tal och skrift på engelska.

Meriterande
Dessutom anses antingen (1) erfarenhet av modellering av enzymreaktionsmekanismer och/eller enzymfunktion-dynamiska relationer, i samband med att förstå enzymutveckling eller för biokatalytiska tillämpningar, och modellering av enzym-DNA-interaktion eller (2) erfarenhet av att använda förbättrade provtagningsmetoder ( såsom replikutbyte eller metadynamics) för att studera biomolekylära system, med särskild preferens för studier av konformationsdynamikens roll i enzymteknik eller evolution att vara ett plus.

Observera att vikt inte bara kommer att läggas vid  övergripande vetenskapliga prestationer, utan också vetenskapliga prestationer i förhållande till karriärstadiet och år av forskningserfarenhet.

Alla kvalifikationskrav kommer att bedömas genom intervju, samt personliga referenser.

Om anställningen
Anställningen är en tillsvidareanställning (provanställning på 6 månader kan komma att tillämpas). Omfattning är 100%. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Prof. Mikael Widersten och Dr Antonietta Parracino E-post: antonietta.parracino@kemi.uu.se, Telefon: +4670-01679430, +4618-471 5697.
E-post: Mikael.Widersten@kemi.uu.se, Telefon: +460736951863 +46018471 4992

Välkommen med din ansökan senast den 30 Januari 2023, UFV-PA 2022/5013

Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast eller enligt överenskommelse
Löneform Individuell lönesättning
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2022/5013
Facklig företrädare
  • Seko Universitetsklubben, seko@uadm.uu.se
  • ST/TCO, tco@fackorg.uu.se
  • Saco-rådet, saco@uadm.uu.se
Publicerat 2022-12-19
Sista ansökningsdag 2023-01-30
Logga in och sök jobbet

Tillbaka till lediga jobb