Systemutvecklare till NGI-Uppsala, SNP&SEQ-teknologiplattformen - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Är du nyfiken på det snabbt växande området bioteknik? Vill du arbete tillsammans med forskare och bioinformatiker i en dynamiskt och kreativ miljö vid en av Europas största verksamheter för DNA-analyser? Som systemutvecklare vid SNP&SEQ-teknologiplattformen kommer du vara delaktig i att utveckla lösningar för att optimera flödet av storskalig sekvenserings- och genotypningsdata från våra instrument till forskare.

SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. SNP&SEQ erbjuder service med moderna storskaliga metoder och applikationer inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi och industri, och även till internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen genererar plattformen >300 terabaser av sekvensdata från >20 000 prover, levererar >25 miljarder genotyper från 50 000 prover till uppdragsgivarna och bidrar till >100 publikationer. Som en del av NGI har vi del i ett dedikerat kluster med >3000 cores. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se/

SNP&SEQ tillhör formellt Institutionen för medicinska vetenskaper som är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Du kan läsa mer om institutionen på https://www.medsci.uu.se/

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter
Vi söker en systemutvecklare till vår systemgrupp för att arbeta med att utveckla våra pipelines för databehandling och våra Laboratory Information Management System (LIMS). På grund av den känsliga karaktären hos den data vi hanterar finns ett stort fokus på informationssäkerhet, automatisering och spårbarhet. Vi arbetar enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och är ackrediterade av SWEDAC som ett testlaboratorium för genotypning och sekvensering. Vi strävar ständigt efter att förbättra våra utvecklingsprocedurer och hålla jämna steg med det senaste vad gäller CI/CD, versionskontroll och dokumentation.

• Designa och utveckla system för processning och analys av data i petabyte-skala
• Skapa integrationer till vårt LIMS (Laboratory Information Management System)
• Tillhandahålla support till användare av systemen inom SNP&SEQ
• Utveckla och förbättra existerande DevOps-lösningar baserade på tex Ansible och GitLab.
• Upprätta, underhålla och validera systemdokumentation
• Samarbeta med personal vid Uppsala universitets IT-avdelning, Uppmax och andra SciLifeLab-verksamheter

Kvalifikationskrav

• Universitets eller högskoleexamen i datavetenskap, IT eller liknande område
• Minst fem års dokumenterad arbetslivserfarenhet från systemutveckling
• Utmärkta kunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk
• Förmåga att snabbt lära dig nya färdigheter
• Erfarenhet i användning av Git
• Djup förståelse för informationssäkerhet
• Hög kompetens i Unix/Linux-miljö
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift

Vi söker en person som är utåtriktad, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

• Java, C eller C#
• Databaser tex. MySQL
• Dokumentations- och projekthanteringsverktyg såsom Confluence och JIRA
• Metoder för mjukvarudriftsättning (tex Ansible) och kontinuerlig integration
• Datorkluster och distribuerade system
• Virtuella miljöer, tex Docker
• ELK stack eller liknande loghanteringssystem
• Kännedom om metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning 6 månader tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde så snart som möjligt enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Gruppchef Kristina Larsson +46 70-1679451, kristina.larsson@medsci.uu.se, eller koordinator systemgruppen Matilda Åslin matilda.aslin@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 1 februari 2023, UFV-PA 2023/4963.