Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.

Institutionen för kirurgiska vetenskaper vid Uppsala Universitet är en institution med ca 160 anställda och över 600 personer som är associerade via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.surgsci.uu.se.

Beskrivning
Den fysiska placeringen av arbetet för den utlysta tjänsten som bioinformatiker kommer att vara EpiHubben, en institutionsövergripande forskningsenhet inom epidemiologi vid Vetenskapsområdet för medicin och farmaci. Syftet med Epihubben är att med gemensam kraft lägga en långsiktig grund för utvecklad epidemiologisk forskning. Inom enhetens drygt 500 kvm stora kontorsyta finns cirka 40 forskare och statistiker placerade. Dessa kommer från olika institutioner och syftet med samplaceringen inom Epihubben är samverkan, kunskapsutbyte och interaktion mellan forskargrupper. Ingen är anställd vid Epihubben utan alla som har sin arbetsplats vid enheten är anställda vid en institution. Epihubben är en mötesplats.

En av forskargrupperna med placering inom Epihubben är Medicinsk epidemiologi vid Institutionen för kirurgiska vetenskaper (https://www.surgsci.uu.se/Forskning/forskningsomraden/Medicinsk_epidemiologi/) ledd av professor Karl Michaëlsson, som också är föreståndare för den nationella infrastrukturen SIMPLER, Swedish Infrastructure for Medical Population-Based Life-Course and Environmental Research (https://www.simpler4health.se/) inom vilken den eftersökta bioinformatikern ska verka.

Infrastrukturen SIMPLER har till uppgift att förse nationella och internationella forskare med material för forskning om hur livsstilsfaktorer och genetik påverkar vår hälsa under framför allt den senare delen av livet. Kunskapen kan användas för att till exempel utveckla råd och rekommendationer om kost och livsstil, utveckla nya markörer för att enklare och effektivare diagnostisera kroniska sjukdomar och dess förstadier samt utveckla nya individanpassade behandlingsmetoder.

SIMPLER består av en longitudinell kohort med 110000 deltagare, en stor och växande databas och en biobank med mer än 500000 prover. Deltagarna har följts upp till 35 år och under denna tid upprepat besvarat frågeformulär om levnadsvanor, hälsa och välbefinnande. Sjukdomsinformation har också hämtats från mer än 20 hälsoregister, några via årliga uppföljningar. Insamling av genetiskt material (DNA) från blod och saliv sker succesivt och finns hitintills insamlat för 50000 deltagare och GWAS (genomtäckande associationsstudie) med åtföljande imputering har genomförts för dessa deltagare. Cirka 13500 kvinnor och män har dessutom genomgått en första undersökning med provtagning och samma undersökning är under genomförande ytterligare en gång 10 år efter den första. De insamlade proverna förvaras i SIMPLER:s biobank som i dagsläget består av 25 frysar. Resultat från studier baserade på data och prover från infrastrukturen kommer att leda till kunskap om hur vi ska förbättra folkhälsan. Genom att analysera genetiska markörer, proteiner, metaboliter (produkter från ämnesomsättningen) och bakteriesammansättning i de olika typerna av insamlade prover kan forskarna på ett bättre sätt förstå sjukdomars uppkomst men också underlätta förståelsen av livsstilens betydelse för sjukdomsutveckling. En del av dessa s k omicsanalyser är genomförda och andra kommer att genomföras under de närmaste åren. Våra vanliga folksjukdomar orsakas inte enbart av arv eller miljö, utan är ett komplext samspel mellan de båda. Vår kombination av longitudinella livsstilsundersökningar, registerinformation och omicsanalyser ger forskarna en unik möjlighet att bättre förstå sjukdomars uppkomst. Sedan 2018 leds SIMPLER av ett konsortium bestående av Uppsala universitet, Karolinska institutet, Chalmers tekniska högskola och Örebro universitet, i samarbete med Regionerna Uppsala, Västmanland och Örebro. Forskare som använder SIMPLER-data finns spridda över hela Sverige men även internationellt, exempelvis Storbritannien, USA, Frankrike och Spanien.

Arbetsuppgifter
Vi söker nu en mycket motiverad och noggrann bioinformatiker med intresse för epidemiologi och olika typer av omicsdata (genomik, proteomik, metabolomik, och mikrobiota). Medarbetaren skall utföra arbete med kvalitetskontroll, uppbyggnad av databaser, databashantering, datahantering och flyttning av data, samt statistiska analyser. Utöver att serva forskningsprojekt med data kommer också analys- och databearbetningsrelaterade uppgifter inom forskningsprojekt med olika typer av data att ingå i arbetsuppgifterna. Viss tid kommer att kunna avsättas för egen forskning. Tjänsten innebär också ett nära samarbete med övriga medarbetare inom SIMPLER:s ledningsfunktion.

I rollen som bioinformatiker har du även följande arbetsuppgifter:

  • Huvudansvar inom SIMPLER för bioinformatiska uppgifter och frågeställningar
  • Förvalta behörigheter och mappstrukturer i serversystem samt utveckla databashanteringen inom SIMPLER
  • Utveckla programvara kopplad till bioinformatikuppgifter i UNIX/Linux-miljö
  • Hantera stora komplexa datamängder och beräkningsintensiva program på fjärrservrar med hjälp av köhanteringssystem
  • Validera, filtrera, förbereda genetiska data, proteomik- och metabolomikdata samt mikrobiotadata för analys samt genomföra statistiska analyser
  • Föra detaljerad dokumentation av utförda analys- och datahanteringssteg
  • Bistå forskargrupper med allmän expertis inom bioinformatik

Kvalifikationskrav

  • Masterexamen i bioinformatik, programmering, epidemiologi eller annan relevant utbildning
  • Omfattande dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk analys av omicsdata
  • Erfarenhet av databashantering och avancerad datahantering
  • Erfarenhet av arbete i Linux/UNIX-servermiljö, inklusive skriptspråk
  • Mycket god förmåga att arbeta självständigt och samarbeta med olika forskargrupper
  • Erfarenhet av att arbeta metodiskt och strukturerat
  • Intresse av att dokumentera utvecklade verktyg, metoder och resultat noggrant
  • Utmärkt förmåga till kommunikation i tal och skrift på engelska
  • Mycket god samarbetsförmåga

Övrigt/Meriterande

  • Doktorsexamen i relevant ämne
  • Erfarenhet av att arbeta med genomik-, proteomik-, metabolomik- och mikrobiotadata inklusive validering av sådana data
  • Praktisk erfarenhet av att utföra imputering av genotypiska humandata
  • Praktisk kunskap inom medicinsk statistik och statistisk programmering, helst i R eller Stata, men också specifika programvaror för genetisk analys såsom PLINK, SNPTEST och IMPUTE2
  • Författarskap i peer-granskade vetenskapliga publikationer av hög kvalitet
  • Erfarenhet av epidemiologisk forskning
  • Programmeringskunskaper i html eller/och JavaScript

Ansökan

Följande dokument ska lämnas in med din ansökan:

  • Personligt brev (max 2 sidor) där du kort beskriver dig själv och dina forskningsintressen samt motivering till varför du söker denna position
  • Curriculum vitae
  • Fullständig publikationslista
  • Kopior av examensbevis och betyg, samt magister- eller masteruppsats eller andra relevanta dokument
  • Namn och kontaktuppgifter på två referenser

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast eller efter överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning. 6 månaders provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Karl Michaëlsson, epostadress karl.michaelsson@surgsci.uu.se eller prefekt Liisa Byberg, epostadress liisa.byberg@surgsci.uu.se. 

Välkommen med din ansökan senast den 30e november 2022, UFV-PA 2022/3551.

Anställningsform Tillsvidare anställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Efter överenskommelse
Löneform Individuell lönesättning
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2022/3551
Publicerat 2022-10-06
Sista ansökningsdag 2022-11-30
Logga in och sök jobbet

Tillbaka till lediga jobb