Doktorand i bioinformatik med fokus på precisionsmedicin vid multipel skleros - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

Projektbeskrivning: Vi söker en ambitiös blivande doktorand med en gedigen bakgrund inom bioinformatik, datavetenskap och AI. Kandidaten kommer att ingå i ett tvärvetenskapligt team av forskare som arbetar inom precisionsmedicin. Fokus för projektet är att utveckla och tillämpa metoder för att analysera storskaliga masspektrometridata för precisionsmedicin vid multipel skleros. Detta inkluderar analys av data från fallkontroll studier vid multipel skleros, med ett särskilt fokus på hur cirkulerande lipider i kombination med kunskap om livsstil, riskgener och andra faktorer kopplade till sjukdomsutveckling och behandlingsresultat, i slutändan kan leda till förbättrade behandlingsstrategier skräddarsydda för den enskilda patienten. Detta inkluderar användning och utveckling av s.k. oövervakade och övervakade maskininlärningsmetoder (AI/ML).

Du kommer att arbeta nära tillsammans med bioinformatiker, tekniker, kemister, experter på masspektrometri och prekliniska och kliniska forskare. Projektet är ett samarbete med Burman-gruppen vid Uppsala universitet. Projektet finansieras genom FORMAS, Marianne och Marcus Wallenbergs Foundation och Svenska Sällskapet för Medicinsk Forskning (SSMF).

Mer information om forskargruppernas verksamhet finns på:
http://www.caramba.clinic and https://neuro.uu.se/research/research-groups/neurology/projects/autologous-hematopoietic-stem-cell-transplantation-for-ms/

Kvalifikationer: Den sökande ska ha en MSc i datavetenskap, bioinformatik eller motsvarande fält. De som tar sin examen under våren 2021 är också välkomna att söka. Dokumenterad erfarenhet av datavetenskap, R/Phyton, statistisk och bioinformatisk analys av -omikdata krävs också. Kandidaten ska ha utmärkt kommunikationsförmåga och vara angelägen om att aktivt interagera med andra teammedlemmar, inklusive experimentalister, bioinformatiker, vårdpersonal och forskare inom AI/ML. Mycket goda kunskaper i muntlig och skriftlig engelska krävs. Positiva rekommendationer från tidigare handledare/lärare är också ett krav.

Meriterande i övrigt: Tidigare erfarenhet av att använda HPC/molnbaserade metoder för bearbetning och analys av storskaliga data.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska innehålla 1) en avsiktsförklaring som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och motivation för varför du vill göra doktorsexamen, 2) en kort beskrivning av din utbildning, 3) ett CV, 4) en kopia av din magisterexamen och kursbetyg, 5) namn och kontaktinformation (adress, e-postadress och telefonnummer) på minst två referenspersoner, 6) relevanta publikationer (inklusive examensarbete).

Ansökan kan gärna skrivas på engelska.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2021-05-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enligt HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kim Kultima, kim.kultima@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 8 april 2021, UFV-PA 2021/1020.