Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter: Som bioinformatiker i gruppen ansvarar du för den informatiska delen av flera projekt. Det innebär att du tillsammans med andra gruppmedlemmar ska planera projektarbetet, utföra dataanalysen med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra på olika dataset. Ett av ansvarsområden kommer att vara analyser av data som genereras via Illumina/ Affymetrix/ Agilent-plattformar, i kombination med analyser av genetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Det andra ansvaret kommer att omfatta analyser av storskaliga parallella DNA-sekvenseringsdataset (exom och genom) inom ramen för olika projekt. Det tredje ansvarsområdet kommer att omfatta analyser av genuttryck (från array- och sekvensdata) samt analyser av CpG-metylom. Den framgångsrika kandidaten ska också ha en förmåga att introducera andra anställda/ studenter till bioinformatik och kommunicera väl med övriga medlemmar i gruppen. Därför är goda sociala färdigheter högt värderade. Praktisk expertis inom nästa generation sekvensering (NGS), kvalitetskontroll av olika dataset, analyser av SNP-mutationer och gen-kopie-antal är också viktigt. Tidigare erfarenheter med Remote Shell Scripting (till Uppmax) och användning av Circos-Plots för visualisering av genetisk variation är ytterligare fördelar.
Av kravspecifikationen skall framgå: vilken utbildning, erfarenhet och personliga egenskaper som är nödvändiga för anställningen.

Kvalifikationskrav: Väl dokumenterad bakgrund som bioinformatiker samt en välprövad praktiskt erfarenhet (t.ex. genom publikationer inom bioinformatik). Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina SNP och CpG-methylome arrays), särskilt inriktade på studier av strukturell variation i humant genom, värderas högt. Tidigare erfarenhet av Nexus-platformen för analys av stukturell genetisk variation är idealiskt. Erfarenhet av high-performance computing i Linux/Unix-miljö (t.ex. UPPMAX), programmeringsförmåga (t.ex. i JAVA, R/Bioconductor, Perl, C ++, Shell -scripting) samt kompetens att självständigt utveckla nya webbaserade plattformar för stor datasamling och analys (SQL-databaser och phpMyAdmin) är essentiell.  Vidare är kunskap om webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) samt Bayesian statistics ett plus. God förmåga att kommunicera på i tal och skrift på engelska samt dokumenterad erfarenhet av undervisning på universitetsnivå värderas högt.

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Doktorsexamen i bioinformatik, eller matematik eller statistik.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2021-02-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 12 månader med möjlighet till förlängning.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jan Dumanski, +46704250616, jan.dumanski@igp.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 21 januari 2021, UFV-PA 2020/4923.

 

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 2021-02-01 eller enligt överenskommelse
Löneform Individuell lönesättning
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2020/4923
Facklig företrädare
  • Seko Universitetsklubben, seko@uadm.uu.se
  • ST/TCO, tco@fackorg.uu.se
  • Saco-rådet, saco@uadm.uu.se
Publicerat 2021-01-07
Sista ansökningsdag 2021-01-21

Tillbaka till lediga jobb