Bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Den utannonserade anställningen är placerad vid avdelningen för visuell information och interaktion inom institutionen för informationsteknologi, men är även del av NMI och SciLifeLab, som beskrivs nedan. Institutionen för informationsteknologi har en bred verksamhet och en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer. Totalt har institutionen ca 280 anställda varav 120 lärare och 110 doktorander (se www.it.uu.se för mer information). Avdelningen för visuell information och interaktion samlar en världsunik kombination av expertis inom datoriserad bildanalys och människa-datorinteraktion. SciLifeLab/NMI BioImage Informatics Facility (BIIF) är administrativt placerad här och erbjuder utbildning och forskarsupport inom digital bildanalys för life science tillämpningar. Läs mer på www.scilifelab.se/facilities/bioimage-informatics/.

Science for Life Laboratory, SciLifeLab (http://www.scilifelab.se/), är ett svenskt nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälsa och miljöforskning. Centret kombinerar teknisk expertis i frontlinjen med avancerad kunskap om translationell medicin och molekylär biovetenskap. SciLifeLab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet, men samarbetet innefattar många fler universitet. SciLifeLab bildades 2010 och idag arbetar ca 1,500 personer inom centret, varav ca 1/5 inom dess faciliteter som erbjuder support för forskare inom livsvetenskaperna. BIIF är en av SciLifeLabs faciliteter och del av bioinformatikplattformen som engagerar ett stort antal bioinformatiker spridda över landet.

National Microscopy Infrastructure, NMI (https://nmisweden.se/) är en nationell infrastruktur för mikroskopi inom livsvetenskaperna, med noder vid KTH, Stockholms universitet, Göteborgs universitet, Umeå universitet och Uppsala universitet. Målet för NMI är att erbjuda utrustning och expertis inom mikroskopi och bildanalys. NMI koordinerar också nationellt och internationellt kunskapsutbyte och utbildning inom mikroskopi och bildanalys. NMIs bildanalysnod är nära integrerad med BIIF.

Arbetsuppgifter: Vi vill nu utöka SciLifeLab/NMI BIIF och söker en forskare med doktorsexamen med stort intresse av att utveckla, implementera och anpassa digitala bildanalysmetoder för kvantitativ analys av mikroskopidata. Mycket fokus ligger på storskalig analys baserad på maskininlärning och så kallad deep learning/AI. Du kommer arbeta med kortare och längre projekt och erbjuda forskarsupport vid BIIFs noder i Uppsala och Stockholm samt andra universitet i Sverige. Uppdraget innebär även undervisning i form av organisation av kurser och workshops kring digital bildbehandling och analys med life science tillämpningar. Handledning av examensarbeten inom området ingår också i arbetsuppgifterna, liksom viss inblandning i forskningsprojekt i Carolina Wählbys forskargrupp, se http://user.it.uu.se/~cli05194/

Kvalifikationskrav: Du bör ha doktorsexamen inom digital bildanalys/bildbehandling eller motsvarande, alternativt doktorsexamen inom biomedicin/biologi eller motsvarande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder är ett krav. Excellent kommunikationsförmåga på engelska, både muntlig och skriftlig, är ett krav.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Erfarenhet från postdoktorala studier (eller motsvarande inom annan verksamhet) och metodutveckling inom bildanalys är meriterande. Särskilt meriterande är färdighet i att använda och utveckla algoritmer och analyspipelines avsedda att identifiera och segmentera celler och mikroorganismer i odling och vävnadssnitt, samt att kvantifiera biologiska parametrar för dessa. Erfarenhet av undervisning och handledning är också meriterande, liksom erfarenhet av arbete med maskininlärning och deep learning med tillämpningar inom mikroskopidata, så som t.ex. vävnadsanalys.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska skickas in via länken nedan. Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), länkar till relevanta publikationer och kontaktinformation för minst två referenspersoner. Vi vill också veta tidigaste möjliga startdatum. Notera att ansökningar bara accepteras via länken nedan.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, 6 månaders provanställning tillämpas.

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Carolina Wählby, carolina.wahlby@it.uu.se, tel 018-4713473 eller Petter Ranefall, petter.ranefall@it.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 20 mars 2020, UFV-PA 2020/624.