Forskare i mikrobiella parasiters genom - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion i hela organismer. För mer information se www.iob.uu.se.

Anställningen är placerad i Dr Fabien Burkis forskargrupp vid systematisk biologi (https://www.burki-lab.net/). 

Projektbeskrivning: Studera evolution och specifika anpassningar till parasitism i Ascetosporea, ett allt ökande hot i marina miljöer som hittills inte har undersökts med moderna molekylära verktyg. Ascetosporea är en samling av dåligt karakteriserade mikrobiella eukaryota parasiter på marina ryggradslösa djur. De är mest kända för att inbegripa de dödliga patogener på ostron och musslor, som kostar miljontals dollar i den växande vattenbruksindustrin. Hittills saknas Ascetosporea bland de modeller som beskriver evolution av parasitism eftersom jämförande genomiska data saknas för gruppen. Detta beror på bland annat på att organismerna har mycket små celler, att det saknas cellinjer för värddjuren, och metoder för att odla parasiterna in vitro. I det här projektet föreslår vi att övervinna dessa utmaningar genom att använda mikromanipulation och genom/transkriptome sekvensering på singel- cellnivå. Vi kommer att sekvensera de novo genom och transkriptom från flera parasiter som hittills inte kunnat odlas, och som omfattar mångfalden inom Ascetosporea, samt gruppens närmaste frilevande släktingar. Med dessa data kommer vi att kunna få en översikt över evolutionen av parasitism i Ascetosporea, dvs. identifiera pre-parasitiska tillstånd, parasitiska innovationer, och linjespecifika anpassningar med hjälp av jämförande genomik. 

Arbetsuppgifter: Utföra lab-experiment för att få tillräckligt med DNA för genomik och transkriptomik; utveckla, mikrofluidteknik och / eller emulsionsbaserade metoder för att förbättra ’single-cell’ genomsekvensering; utföra kvalitetskontroller för att säkerställa att materialet kan sekvenseras på valda plattformar; generera och utvärdera genomenheter från blandade prover; analysera genomdata i samband med utvecklingen och mångfalden i Ascetosporea.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen i biologi. Vi söker en starkt motiverad, entusiastisk och arbetsvillig individ med mycket god akademisk kompetens inom området för (mikrobiell) eukaryot utveckling. Du som söker ska ha en kombination av laborativa och bioinformatiska färdigheter: dokumenterade erfarenheter i encells-genomik / transkriptomik; dokumenterad erfarenhet inom bioinformatik att montera och annotera genom och transkriptom; erfarenhet inom mikrofluidteknik. Erfarenhet med flera high-throughput sequencing platforms, inklusive 10X genomics. Flytande i engelska i både tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Erfarenhet i fylogenetik / fylogenomik är meriterande.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2020-01-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2021-09-30. 

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Fabien Burki, telefonnummer +46 18 471 2779, e-post fabien.burki@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 2 december 2019, UFV-PA 2019/3937.