Forskare i metagenomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för ekologi och genetik utlyser en forskartjänst i metagenomik till programmet för Zooekologi.

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 200 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare www.ieg.uu.se.

Projektbeskrivning: Vi strävar efter att förstå effekten av mänskliga aktiviteter på värdassocierade mikrobiom hos vilda däggdjurspopulationer. Mer specifikt fokuserar projektet på att identifiera antimikrobiella motståndsfaktorer från gamla metasamhällen härledda från värdassocierade orala mikrobiom. Kort tid efter tillkomsten av massproduktionen av antibiotika på 1940-talet har antimikrobiell resistens blivit en stor globalt hälsorisk och åtgärder däremot ligger nu högst upp på FN:s och WHO:s dagordningar. Ändå har vi väldigt lite förståelse för effekterna av antimikrobiell resistans hos vilda djurpopulationer och deras potential att fungera som reservoarer för antimikrobiella resistensgener. Därför börjar vi med att karakterisera orörda, naiva bakteriesamhällen från tidsperioden som föregår massproduktionen av antibiotika.

I nästa steg kommer vi att utvärdera hur långt humanproducerad antibiotika har förändrat samansättningen, funktionella profiler och speciellt antimikrobiell potential i värdassocierade mikrobiomer hos flera vilda däggdjursarter. Slutligen kommer vi att karakterisera effekterna av landsspecifika åtgärdsplaner för att bekämpa global antimikrobiell resistens, som till exempel implementerats i Sverige genom Strama-programmet.

Arbetsuppgifter: Den utsedda kandidaten kommer att arbeta med att producera och analysera DNA-sekvenser från tandstensprover hos flera däggdjursarter. Uppgifterna omfattar insamling av tandstensprover från museum och arkeologiska prover, extraktion av DNA med hjälp av aDNA-tekniker, förberedelse av ”nästa generations” sekvensbibliotek med specifika protokoll anpassade till projektets behov, bioinformatikanalyser av metagenomiska data för taxonomisk och funktionell karakterisering av den orala mikrobiomen hos däggdjur och specifik identifiering och karakterisering av antibiotikaresistensfaktorer. Det kommer också att vara nödvändigt att konstruera metagenomiska sammansatta genom från de gamla DNA-proverna. Kandidaten kommer att förbereda resultaten för offentliggörande i peer-reviewed journals och presentera projektet vid (inter) nationella konferenser.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom medicinsk mikrobiologi eller annat relevant område. Kandidaten förväntas ha stor erfarenhet av laboratoriearbete med gammalt DNA, i synnerhet med metagenomikprover, vilket även bör omfatta kunskaper i biblioteksförberedande arbete. Erfarenhet av bioinformatiska metagenomikanalyser från gamla DNA-prover. Dokumenterad erfarenhet av att arbeta i UPPMAX, kunskap om Kraken, MALT och SPARSE bioinformatikverkty. Förtrogenhet med AMR-databaser samt erfarenhet av analyser av värdassocierade (icke-mänskliga) metagenomiska dataset.

Vid urval bland behöriga sökande kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Vid bedömning av vetenskapliga meriter kommer speciellt erfarenhet av arbete med gammalt DNA samt erfarenhet av att analysera värdassocierade icke-mänskliga metagenomiska data att vägas högt. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forsknings­intressen och varför du vill ha tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kopia av din doktorandexamen 4) relevanta publikationer 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer). Ansökan bör skrivas på engelska.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Anställningen: Anställningen är en tidsbegränsad anställning fr.o.m. 2019-08-01 t.o.m. 2019-12-31 på 100 %.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: 2019-08-01.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Forskarassistent Katerina Guschanski, katerina.guschanski@ebc.uu.se, +46 18 471 26 73.

Välkommen med din ansökan senast 2019-05-29. UFV-PA 2019/1592.