Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter:
Arbetet rör bioinformatiska analyser. Syftet är att identifiera strukturell genetisk variation baserat på olika typer av sekvensdata, med största fokus på att analysera data från Oxford Nanopore. Vidare kommer de novo assembly respektive variantdata behöva jämföras med genomsekvens genererat med andra sekvenseringsstrategier. Oxford Nanopore har nyligen lanserat ett nytt instrument, PromethION, som möjliggör helgenomsekvensering av humana genom. Analys av datan kommer kräva att nya pipelines för datahantering och för analys av variation behöver sättas upp. Både friska kontoller och olika patientgrupper kommer att analyseras, med målet att även identifiera sjukdomsorsakande variation. Inom ramen för anställningen ingår också att skriva vetenskapliga artiklar, samt presentera resultat.  

Kvalifikationskrav:
Sökande skall ha doktorsexamen inom medicin, genetik, molekylärbiologi eller motsvarande område med god förståelse för grundläggande genetik. Utbildning inom bioinformatik eller dokumenterad erfarenhet av bioinformatiskt arbete är ett krav. Sökande skall ha erfarenhet av hantering av sekvensdata och genomanalys inklusive alignment och variationsanalys. För tjänsten krävs efarenhet av att arbeta i unix, i R, samt skriptspråk såsom Perl eller Python. God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska. God samarbets- och kommunikationsförmåga. Dokumenterad erfarenhet av att sammanställa och publicera vetenskapliga artiklar är ett krav. Då utvecklingen inom området sker mycket snabbt krävs en person som har förmåga att testa, utvärdera och anpassa analyser.
Särskild vikt kommer att läggas på vetenskaplig skicklighet, god samarbetsförmåga och självständighet. Sökande behöver ha god arbetsdisciplin och noggrannhet.
Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Erfarenhet av arbete med de novo assembly eller att arbeta med long-read data.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 12 månader med möjlighet till förlängning.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av
Lars Feuk, lars.feuk@igp.uu.se, 018-471 4827

Välkommen med din ansökan senast den 19 mars 2019, UFV-PA 2019/444.

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast
Löneform Fast Lön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2019/444
Facklig företrädare
  • Seko Universitetsklubben, seko@uadm.uu.se
  • ST/TCO, tco@fackorg.uu.se
  • Saco-rådet, saco@uadm.uu.se
Publicerat 2019-03-06
Sista ansökningsdag 2019-03-19

Tillbaka till lediga jobb