Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 42.000 studenter, 7.000 anställda och en omsättning på 6,7 miljarder kronor.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter:
Faciliteten söker två bioinformatiker på heltid för att driva utvecklingen av analyser och databaser. Arbetet kommer till stor del bestå i att utvärdera, utveckla och automatisera robusta pipelines för att analysera NGS data för kliniskt bruk samt att ta fram system för att dela information om varianter internt och externt. Fokus kommer till stor del ligga på att ta fram analyser för detektion av somatiska varianter hos patienter med cancer. Metoderna som faciliteten utvecklar baseras på olika typer av NGS bibliotek och omfattar allt från mindre paneler till helgenom. En särskilt viktig aspekt är datasäkerhet och hantering av klinisk data och arbetet kommer i huvudsak att utföras på facilitetens egna kluster.
De anställda kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, läkare, sjukhusgenetiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.

Kvalifikationskrav:
Mastersexamen eller liknande inom bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält.
Dokumenterad förmåga inom ett eller flera relevanta programmeringsspråk (t.ex. Bash/Perl/Python) är ett krav, liksom erfarenhet av att arbeta i linuxmiljö. Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet. Tjänsten förutsätter en god förmåga att uttrycka sig på engelska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift önskvärt. Tidigare erfarenheter från klinisk bioinformatik, humangenetik och klinisk genomik är meriterande, liksom analys av strukturella varianter, RNAseq och tumor mutational burden (TMB). Erfarenhet av containers, automatiserings/pipeline-verktyg, databaser och git är också meriterande, liksom erfarenhet av IT-arbete med höga säkerhetskrav.
Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av 
Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se, 018-471 4656.

Välkommen med din ansökan senast den 14 december 2018, UFV-PA 2018/4041.

Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast
Löneform Fast Lön
Antal lediga befattningar 2
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2018/4041
Facklig företrädare
  • Ellena Papaioannou, Seko, 018-471 3315
  • Suzanne Borén Andersson, TCO/ST, 018-471 6251
  • Per Sundman, Saco-rådet, 018-471 1485
Publicerat 2018-11-22
Sista ansökningsdag 2018-12-14

Tillbaka till lediga jobb