Postdoktortjänst i evolutionär genetik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 200 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare www.ieg.uu.se. Evolutionsbiologiskt Centrum är en av världens främsta miljöer för forskning och undervisning inom evolutionsbiologi.

SciLifeLab (www.scilifelab.se) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med era andra lärosäten.

Projektbeskrivning: Projektet har som målsättning att klargöra den evolutionära signifikansen i GC-rika DNA-sekvenser hos fåglar med fokus på ”dolda gener” och G-quadruplexer. Vissa delar av fåglars arvsmassa karaktäriseras av en hög andel guanosin- och cytosinbaser (GC-rika regioner), framförallt de allra minsta kromosomerna, så kallade mikrokromosomer. Dessa GC-rika regioner har förmodligen unika egenskaper såsom hög rekombinationstakt, hög gendensitet, och en förmåga att åstadkomma ovanliga DNA strukturer, så kallade G-quadruplexer (G4:or). Knappt någonting är känt om den evolutionära signifikansen hos GC-rika regioner i fåglarnas arvsmassa på grund av --nu överkomna-- tekniska begränsningar som förhindrade effektiv sekvensering och sammanställning av genetisk data med avvikande nukleotidsammansättning.

I detta projekt kommer vi att använda den nyvunna förmågan hos tredje generationens genomsekvensering utan partiskhet mot GC-rika regioner, matematiska modeller och statistiska verktyg för att undersöka när GC-rika sekvenser utvecklades i fågelgenom, huruvida de är bibehållna i fåglarnas släktträd, och vilka biologiska funktioner GC-rika sekvenser, och framförallt G4:or spelar hos vertebrater. Vi kommer att ta fasta på nya bioinformatiska metoder för att identifiera G-quadruplexer genom deras polymeriseringshastighet och den särskilda signal de avger i data från sekvensering av långer fragmenter. Sedermera kommer vi att pröva om GC-innehållet beror på neutrala processer eller naturlig selektion i specifika släktlinjer och genomiska regioner. Denna typ av forskning ligger i den dynamiska interaktionen mellan evolutionär biologi, komparativ genomik, molekylär biologi och bioinformatik.

Arbetsuppgifter: Analys av next-generation sequencing data; jämförande genomik av evolution av GC-innehållet i ”dolda gener” och repetitiver elementer, speciellt på minsta kromosomerna.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen inom evolutionsbiologi, genetik, genomik, bioinformatik, eller annat relevant område är ett krav. Examen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Vi söker en mycket motiverad och konkurrenskraftig person med starka vetenskapliga meriter inom det aktuella ämnesområdet. Grundläggande erfarenhet av analys av next-generation sequencing data är nödvändigt, liksom mycket goda kunskaper i jämförande genomik. Kandidaten ska ha bra förmåga att uttrycka sig på engelska, såväl i tal som i skrift. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper som kommunikations- och samarbetsförmåga, förmåga att arbeta självständigt, vetenskaplig mognad och kreativitet.

För att kvalificera sig som postdoktor ska den sökande ha avlagt doktorsexamen, eller ha en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Meriterande: Goda kunskaper inom programmering (t.ex. Perl, Python, eller R) är önskvärt.

Anställningen: Visstidsanställning på heltid under 24 månader. Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: 2018-12-01 eller enligt överenskommelse.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla Ansökan ska innehålla (1) ett ansökningsbrev med en beskrivning av forskningsintressen, relevanta erfarenheter, motivering till varför du är lämplig för tjänsten (2) CV och publikationslista, 3) kontaktuppgifter till två referenspersoner (e-post och telefon), (4) kopia på examensbevis, (5) opublicerat arbete som den sökande vill åberopa. Önskvärt är att ansökan skrivs på engelska.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Forskarassistent Alexander Suh, alexander.suh@ebc.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast 2018-10-15, UFV-PA 2018/2939.