Doktorandplats till zebrafiskarnas lymfatiska utveckling - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi 
vid Uppsala universitet (igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan.

Lymphangiogenes Laboratoriet
Doktoranden kommer att arbeta i forskargruppen Lymphangiogenes Laboratoriet, som leds av Kaska Koltowska (koltowskalab.com). Forskningsgruppen studerar framför allt lymfkärlbildning i zebrafisk. Lymfkärl kommer huvudsakligen från ett definierat venöst kärlnätverk, vilket ger frågeställningen hur celler vet hur de ska bilda nya kärl. Kaska Koltowska laboratoriums övergripande mål är att bredda förståelsen för hur lymfatiska kärl bildas och etablerar funktion samt tillämpa denna kunskap på utvecklingen av nya behandlingar.

Projektbeskrivning
Lymphangiogenes innefattar spridning, migrering och utarbetande av nya lymfatika från befintliga kärl i både utveckling och sjukdom. Den apikala signaleringsvägen i lymphangiogenes är VEGFC / VEGFR3-vägen, men hur signaler kontrollerar cellulära transkriptionell utdata är okänd. Vi använder en forward genetic screen i zebrafisk för att identifiera transkriptionsfaktorn mafba som är nödvändig för utveckling av lymfatiska kärl. Vi har funnit att mafba kräver celler autonomt för migrering av lymfatiska prekursorer efter deras initiala spridning från den posteriora kardinalvenen.
 
Huvudmålet med detta projekt är att karakterisera den migrerande kraften nedströms mafba som är väsentligt för lymphangiogenesen. I detta projekt kommer doktoranden att skapa CRISPR-mutationer och undersöka dess roll i lymfatisk utveckling.
 
De huvudtekniker och analyser som krävs i detta projekt är RNA-sekvensering, CRISPR-Cas9 gRNAs-teknik, generering och underhåll av zebrafisklinjer, konfokal fluorescensmikroskopi, immunhistokemi, in situ hybridisering, objektiv kvantifiering av bilddata, kvalitetskontroll, hantering av stora datamängder och statistiska analyser och att förbereda manuskript. Doktoranden kommer att få en grundlig utbildning inom molekylärbiologi, zebrafiskodling, fluorescensmikroskopi och i hantering av stora datamängder.
 
Doktorandanställningen avser egna studier på heltid under maximalt 4 år. Innehavare av doktorandanställning ska främst ägna sig åt egen utbildning på forskarnivå men övrigt arbete såsom utbildning av studenter och administrativt arbete kan ingå med högst 20 procent av anställningen. Anställningen kommer att förlängas med undervisningstiden för att möjliggöra fyra år av heltidsstudier på forskarnivå.

Kvalifikationer:
Ansökan tas emot från mycket motiverade kandidater med en masterexamen inom biomedicin, (molekylär) medicin, molekylär (cell) biologi eller liknande. Mycket goda färdigheter krävs i både skriftlig och muntlig engelska liksom grundläggande kunskaper i och färdigheter inom molekylärbiologi. En framgångsrik kandidat ska vara motiverad, organiserad och en pålitlig lagspelare som också kan arbeta självständigt. Förkunskaper och erfarenheter inom fluorescensmikroskopi, bioinformatik, programmering, zebrafiskodling och / eller bildbaserade analyser är en bonus.

Ansökan ska innehålla:
1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och din erfarenhet som är relevanta för denna doktorandanställning.
2) ett CV/resumé; en verifierad lista med kursbetyg och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner.
3) två sidor sammanfattning av de senaste upptäckterna i lungfiskutveckling i zebrafisk (inklusive referenslista).
4) Om det är möjligt kan en Masteruppsats (färdigställd eller i utkast) och rekommendationsbrev bifogas ansökan.

Ansökan ska skrivas på engelska eftersom vi är ett internationellt laboratorium som använder engelska som huvudspråk.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i Universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till utbildning på forskarnivå  där graden  av förmåga att tillgodogöra  sig utbildning  på forskarnivå är avgörande.

Information om forskarutbildningen, ansökningsförfarande och regler för antagning finns tillgängligt via http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/vill_du_borja/

Lön: Enligt  lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander  och amanuenser).

Tillträde: Enligt överenskommelse

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Kaska Koltowska, PhD, kaska.koltowska@igp.uu.se

Välkommen  med din ansökan senast den 10 juli 2018, UFV-PA 2018/2226.