Doktorandtjänst i translationell genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 375 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 120 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Projektbeskrivning
Överföring av resultat från storskaliga genetiska studier för kardiometaboliska riskfaktorer hos människa genom att använda zebrafisk som modellsystem.

Storskaliga associeringsstudier av hela genom (GWAS) har identifierat hundratals genetiska loci som är starkt associerade med kardiometaboliska riskfaktorer, såsom fetma, förhöjda fetthalter i blodet, insulinresistens och åderförfettning. I de flesta fall är de kausala generna, d.v.s de gener som ligger bakom förändringarna, fortfarande okända. Innan resultaten från GWAS kan översättas till klinisk användning – till exempel som nya biomarkörer eller som läkemedelsmål – måste vi identifiera och karakterisera de kausala generna i dessa loci. Den senaste utvecklingen inom CRISPR-Cas9-baserad mutagenes, high throughput-mikroskopi och bildbaserade analyser har visat att zebrafisk är ett lovande modellsystem för systematisk, storskalig, genetisk karakterisering.

Det övergripande målet för det här projektet är att identifiera och karakterisera kausala gener i GWAS-identifierade loci som är associerade med en högre risk för fetma, men en lägre risk för andra kardiometaboliska riskfaktorer – och vice versa – med hjälp av bildbaserade zebrafiskmodellsystem.

De planerade projekten omfattar: 1) att designa och testa effektiviteten hos CRISPR-Cas9 gRNAs för kandidatgener; 2) att skapa muterade fiskar med hjälp av en multiplex-strategi, d.v.s. där effekten av flera gener kan studeras samtidigt; 3) att avbilda kardiometaboliska riskfaktorer med hjälp av ett automatiserat positioneringssystem och fluorescensmikroskop; 4) att förbereda prover för ytterligare experiment, såsom enzymatisk bedömning av helkroppslipid- och glukosnivåer och/eller celltypspecifik metabolom- och/eller transkriptomkarakterisering; 5) objektiv kvantifiering av bildbaserade data; 6) kvalitetskontroll och analys av sekvenseringsresultat; 7) integrering av tvärvetenskapliga data och statistisk analys; samt 8) att skriva manuskript för publicering i vetenskapliga tidskrifter.

Studenten kommer att få en grundlig utbildning inom molekylärbiologi, zebrafiskhållning, fluorescensmikroskopi, epidemiologi och hantering av stora dataset. Studenten kommer att placeras i Marcel den Hoeds forskargrupp (http://igp.uu.se/forskning/genetik_genomik/marcel-den-hoed/). Projektet finansieras av ett NIH R01 projektbidrag.

Krav på sökanden
Ansökan mottages av högt motiverade sökande med en masterexamen inom biomedicin, (molekylär) medicin, molekylär (cell)biologi eller liknande. Skriftliga och muntliga färdigheter i engelska är en förutsättning, liksom grundläggande kunskaper i, och färdigheter inom molekylärbiologi. En framgångsrik sökande ska vara en motiverad, organiserad och tillförlitlig lagspelare som också kan arbeta självständigt. Tidigare kunskap och erfarenhet inom fluorescensmikroskopi, epidemiologi, bioinformatik, programmering, zebrafiskhållning och/eller bildbaserade analyser är meriterande.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande kort beskriver sig själv och sina forskningsintressen och dina erfarenheter som är relevanta för tjänsten. Ansökan ska dessutom innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, examensarbete och övriga handlingar som sökanden önskar åberopa. Samt kontaktuppgifter till minst två referenspersoner. Om det finns kan en uppsats (färdigställd eller under förberedelse) och rekommendationsbrev också ingå. 

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander och amanuenser).

Tillträde: Startdatum bestäms efter överenskommelse.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av
Marcel den Hoed, PhD, telefon + 46-70 425 07 52, marcel.den_hoed@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 mars 2018, UFV-PA 2018/806.