Doktorand i biogeokemi

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med personal och studenter från hela världen.  Vår forskning omfattar allt från evolutionär ekologi och genetik till studier av ekosystem. Se vidare www.ieg.uu.se.

Vi söker nu en doktorand i biogeokemi till Limnologiprogrammet.

Limnologiprogrammet. Limnologi är studiet av inlandsvattenekosystem, inklusive interaktioner mellan samhällen och populationer, organismer som sträcker sig från mikroorganismer till rovfiskar och den biogeokemiska kretsloppet av näringsämnen. Det limnologiska programmet omfattar forskning om grundläggande vetenskapliga frågor, samt tillämpade ämnen av intresse för skydd och förvaltning av vattenmiljön. Programmet omfattar tre stora forskargrupper, som har en betydande mängd synergier och samarbete mellan sig, inklusive vattenlevande samhällen och populationer, mikrobiell ekologi och biogeokemi. Denna position passar bra med starka kopplingar till forskningsgrupper inom biogeokemi och mikrobiell ekologi.

Biogeokemigruppen. En stor del av vår forskning handlar om organiskt materials reaktivitet: i vilken utsträckning bryts organiskt material ned av mikrober till koldioxid eller metan, och varför? Under vilka omständigheter undkommer organiskt material mikrobiell attack? Vi studerar både löst organiskt material i vattenpelaren och partikelformigt organiskt material i sjösediment, terrestra jordar och marina ekosystem. Vi närmar oss dessa frågor med experiment som sträcker sig från mikroskalan till mesokosmos, med fältkampanjer och regionala och globala datasynteser.

Läs mer om limnologiprogrammet här.

Läs mer om biogeokemigruppen här.

Vi söker nu en doktorand i eventuellt ämnesområde till programmet för Limnologi.

Projektbeskrivning
Detta doktorandprojekt är en del av ett projekt finansierat av Statens Vetenskapsstiftelse: Linking Functionally Relevant Characteristics of Dissolved Organic Matter (DOM) to Functional Traits of the Microbial Community (Fun-DOM). Projektet fokuserar på att reda ut funktionellt relevanta egenskaper hos DOM och koppla dem till mikrobiellt upptag.

Översikt. Det mesta av levande biomassa över hela biosfären består av organiskt material (OM) som är 50 % kolbaserat. När det sönderdelas i flytande tillstånd som löst organiskt material (DOM), kan det passera över biologiska membran och är en viktig energikälla som återvinns till levande biomassa. När det bryts ned av aeroba mikrober, producerar DOM atmosfärisk CO2, en växthusgas som bidrar till den globala uppvärmningen. Mängden tid det tar för DOM att försämras är mycket varierande, från minuter till årtusenden, och det är fortfarande svårt att förutse. Osäkerheten i samband med att förutsäga hastigheten för DOM-nedbrytning är fortfarande ett av de största hindren för att prognostisera hur den globala kolcykeln kan förändras i framtiden. Således är en olöst fråga central för biogeokemi: Vad styr hastigheten för DOM-nedbrytning? Detta doktorandprojekt syftar till att koppla funktionellt relevanta egenskaper hos DOM till funktionella egenskaper hos det mikrobiella samhället under varierande kinetiska scenarier. Även om projektet kommer att genomföras inom ett limnologiprogram, är frågorna vi ställer i detta projekt relevanta för sötvatten, mark och marina ekosystem. Projektet syftar till att utveckla högtekniska kemiska och biologiska metoder för att svara på ekologiskt meningsfulla frågor. De kemiska och biologiska tillvägagångssätten beskrivs kortfattat nedan.

Det kemiska tillvägagångssättet. Inom ett enda vattenprov som innehåller DOM finns det flera hundra tusen organiska föreningar som kan identifieras med hjälp av högupplöst masspektrometri. Högupplöst masspektrometri kan tillhandahålla grundämnessammansättningen (C:H:O:N:S:P) av dessa organiska föreningar. Det finns dock begränsad information om strukturella egenskaper eller funktionell gruppkonfiguration. Projektet kommer att sträva efter att utveckla nya kemometriska metoder för att tolka data som härrör från masspektrometri för att hjälpa till att identifiera funktionellt relevanta egenskaper hos DOM.

Det biologiska förhållningssättet. Ett annat mål med detta projekt är identifieringen av genomupplösta funktionella gener involverade i enzymatisk nedbrytning. Genomupplöst metagenomik är ett snabbt framskridande område, särskilt utveckling av pipelines för bioinformatisk analys, funktionell genannotering och genupplösta metatranskriptomanalyser. För att spåra mikrobernas roll i att bryta ned olika DOM-föreningar kommer vi att kombinera metagenomik för att konstruera genomet och metatranskriptomik för att spåra förändringar i genuttryck (dvs. produktionen av enzymer).

Vad vi erbjuder dig. Du kommer att få utbildning i att använda och utveckla tekniska verktyg, inklusive programmerings- och labbkunskaper, såväl som andra färdigheter, såsom tidshantering, stresshantering och vetenskapligt skrivande. Projektets framgång kommer att underlättas av stöd från två bihandledare med kompletterande expertis inom kemisk analys av DOM (Dolly Kothawala, Limnologi, UU) och akvatiska mikrober och bioinformatik (Maliheh Mehrshad, Sveriges Lantbruksuniversitet). Limnologiprogrammet och forskargrupperna du kommer att arbeta närmast med är tvärvetenskapliga och internationella. Vi kommer att ha regelbundna handledningsmöten ansikte mot ansikte med regelbundna kontroller av dig och ditt projekt, inklusive ditt välmående och psykiska hälsa. Vi har regelbundna sociala evenemang för att främja en stödjande, hälsosam arbetsmiljö. Vi uppmuntrar doktorander att ha en hälsosam livsstil som balanserar arbete och liv och försöker främja ett säkert stödnätverk för att alla forskare ska trivas, vara kreativa och nå sin högsta potential.

Arbetsuppgifter
Som doktorand med inriktning mot biogeokemi kommer du att delta i limnologiprogrammet inom en grupp med fokus på biogeokemi och kretslopp av organiskt material. Du kommer att designa och genomföra laboratorieexperiment. Du kommer att tolka komplexa biologiska och kemiska data med befintliga programmeringsverktyg. Dessutom kommer du att utveckla nya programmeringsverktyg efter behov för att analysera kemiska och biologiska data. Utöver din forskning kommer det att finnas undervisning och annan administrativ verksamhet inom limnologiprogrammet. Undervisningen och andra administrativa uppgifter kan uppgå till 20 % av arbetstiden.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom biologi, kemi och/eller relevant område inom teknik, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper som kreativitet, flexibilitet, ta initiativ när tillfälle ges, problemlösning, uthållighet, samarbeta, muntligt och skriftligt uttryck, bidra till en positiv arbetsmiljö och stresshantering. Kandidater måste kunna uttrycka sig flytande i tal och skrift på engelska.

Meriterande
Kunskaper inom biologi, kemi och/eller teknik med erfarenhet av att använda programmeringsverktyg är mycket önskvärda kvalifikationer för tjänsten. Kompetenser som är önskvärda men inte obligatoriska är bland annat kurser i ekologi, limnologi, biokemi, analytisk kemi och/eller organisk kemi. Kandidaten bör redan vara bekant med programmeringsverktyg och vara villig att avancera dessa färdigheter till en avancerad nivå.

Vi söker en mycket motiverad kandidat som är nyfiken på att lära sig om den naturliga miljön och som samtidigt kan multitaska och arbeta med högtekniska komponenter i ett projekt.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-09-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Upplysningar om anställningen lämnas av
Dolly Kothawala (Limnologi, Institutionen för ekologi och genetik, Uppsala Universitet), dolly.kothawala@ebc.uu.se, or Maliheh Mershad (Mikrobiell ekologi, Institutionen för vatten och miljö , Sveriges Lantbruksuniversitet) maliheh.mehrshad@slu.se.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kort beskrivning av din utbildning, inklusive de kurser du har läst som är relevanta för denna tjänst 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 30 maj 2025. UFV-PA 2025/898.