Postdoktor inom multi-omik och maskininlärning för precisionsmedicin vid barnleukemi

Är du intresserad av att arbeta inom ett av världens snabbast växande teknologiområden? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor?

Vi söker nu en driven forskare på postdoktornivå till forskargruppen för molekylär precisionsmedicin vid Uppsala universitets Institution för medicinska vetenskaper, som är verksam vid Biomedicinskt Centrum (BMC).

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med fyra olika avdelningar, och starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

Forskargruppen studerar olika sjukdomar med hjälp av storskaliga genetiska metoder (https://www.uu.se/en/department/medical-sciences/research/research-groups/molecular-precision-medicine). Genom nära samarbete med kliniska forskare vid Akademiska sjukhuset i Uppsala har vår forskargrupp tillgång till unika provsamlingar och klinisk patientinformation. Ett nära samarbete med den nationella infrastrukturen för genomik (National Genomics Infrastructure, NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab), ger forskargruppen tillgång till nästa generationens sekvenseringsteknologi (https://ngisweden.scilifelab.se/).

Det aktuella projektet fokuserar på analys av blodprover från barn med leukemi, friska kontroller och in vitro-cellmodeller med hjälp av olika omik-tekniker. Det övergripande målet är att ta steget mot precisionsmedicin inom barnleukemi. Vi strävar efter att identifiera cirkulerande biomarkörer som kan särskilja högriskpatienter från patienter med låg risk. Med denna strategi vill vi kunna förkorta kemoterapibehandlingen för lågriskpatienter, samtidigt som vi riktar behandlingen mer specifikt mot högriskgruppen. Vi kommer även att genomföra läkemedelsscreeningar för riktade terapier, där vi testar lovande nya läkemedel som befinner sig i prekliniska och tidiga kliniska prövningar.

Finansierat av det transnationella European Partnership for Personalised Medicine (EP PerMed) är detta projekt ett nära samarbete med ledande forskargrupper inom barnhematologi vid University of Freiburg och Technical University of Munich i Tyskland samt University of Tampere i Finland. Som postdoktor i projektet kommer du att ha en nyckelroll i att integrera och analysera multiomik-data inom konsortiet för att fördjupa förståelsen av barnleukemi på molekylär nivå och bidra till utvecklingen av nya behandlingsstrategier.

Du kommer att ingå i Uppsala universitets forskargrupp för molekylär precisionsmedicin, där forskning fokuserar på både utveckling av nya genomiktekniker och tillämpningen av dessa för kliniskt relevanta frågor inom pediatrisk onkologi. Förutom ett starkt fokus på barnleukemi, erbjuder tjänsten möjligheter att utveckla egna forskningsfrågor inom projektets ramar och att samarbeta med experter inom bioinformatik och molekylärbiologi i en dynamisk och interdisciplinär miljö.

Arbetsuppgifter  

• Analysera multiomik-data från pediatriska leukemiprover och in vitro-modeller, inklusive genomik (WGS), transkriptomik (bulk och scRNA-seq), epigenomik (metyleringsarrayer) och proteomik (Olink Explore PEA) data.
• Utveckla och tillämpa maskininlärningsmodeller för att identifiera sjukdomssubtyper och förutsäga behandlingssvar.
• Samarbeta med barnonkologer, bioinformatiker och beräkningsbiologer, både inom forskargruppen och med våra internationella samarbetspartners.
• Författa vetenskapliga artiklar och presentera projektets resultat på vetenskapliga möten och konferenser.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi eller ett närliggande område eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom något av dessa områden. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

• Erfarenhet av storskalig dataanalys och programmering i relevanta språk som Python och R.
• Vana vid att hantera stora dataset i LINUX/UNIX-miljö.
• Erfarenhet av storskalig DNA- eller RNA-sekvensering.
• Utmärkta kommunikations- och samarbetsförmågor.
• Goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Dokumenterad erfarenhet av proteomikanalys och multi-omik integrering.
• Erfarenhet av att tillämpa maskininlärning på biomedicinska data.
• Stark bakgrund inom immunologi.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i två år enligt centralt kollektivavtal, med eventuell möjlighet till förlängning ytterligare högst ett år. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jessica Nordlund (jessica.nordlund@medsci.uu.se)

Välkommen med din ansökan senast den 10 januari 2025, UFV-PA 2024/3911.