1-2 Doktorander i molekylär biofysik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://icm.uu.se.

Forskningsgruppen ledd av Universitetslektor Michael Landreh är en del av molekylära biofysik-programmet vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi (ICM). Laboratoriet för molekylär biopfysik fokuserar på att utveckla och tillämpa biofysikaliska metoder, framför allt fotonvetenskap, kryo-elektronmikroskopi och masspektrometri, för att studera strukturer och interaktioner hos biomolekyler.

Landreh-labbet använder state-of-the-art protein enginering och masspektrometri för att avslöja struktur/funktionsförhållandet hos proteiner som spelar avgörande roller i cancer och neurodegeneration. Särskilt intressanta är integrala membranproteiner och proteiner som uppvisar en hög grad av oordning, vilka båda är utmanande att fånga med andra metoder inom strukturbiologi.

Vi är ett internationellt forskningsteam med olika bakgrunder som sträcker sig från biophysik till cellbiologi, och vi använder regelbundet vår expertis inom proteininteraktioner och masspektrometri för att samarbeta med andra forskningsgrupper både inom och utanför Sverige. Gruppen består av tre doktorander och tre postdoktorer, med ytterligare laboratorieutrymme vid SciLifeLab Solna och Karolinska Institutet.

Arbetsuppgifter
Maskininlärningens ankomst (Machine Learning, ML) har revolutionerat strukturbiologin. Många proteinkomplex kan förutsägas med hög noggrannhet, och tillsammans med experimentella data kan vi potentiellt bygga atomiska modeller av hela cellkompartment. Detta doktorandprojekt syftar till att förena storskalig strukturprediktion med AlphaFold2 med strukturell proteomik baserad på masspektrometri för att förstå struktur-funktionsförhållandet hos cellulära maskiner, särskilt membranlösa organeller som bildas genom vätske-vätske-fas-separation. För detta ändamål kommer doktorandkandidaten att (a) designa och producera fas-separerande proteiner för att klarlägga deras gasfasstrukturer, (b) genomföra storskaliga AF2-prediktioner för att identifiera interaktioner mellan cellkomponenter och (c) kombinera masspektrometri, elektronmikroskopi och datorsimuleringar för att förutsäga deras tredimensionella struktur och deras interaktioner med målproteiner i deras naturliga miljö(er). Dessutom finns möjligheter att bidra till arbete inom relaterade områden, inklusive integration av Omics-data och alternativa metoder inom ML-baserad strukturprediktion.

Projektet är en del av ett större samarbete med grupperna ledda av professor Arne Elofsson vid Stockholms universitet och SciLifeLab, biträdande professor Lukas Käll (KTH, SciLifeLab) och biträdande professor Hossein Azizpour (KTH). Det erbjuder en unik bredd av forsknings- och träningsmöjligheter från grunderna i maskininlärning till tillämpad cellbiologi. Studenten förväntas ta en aktiv roll i både de beräknings- och experimentella aspekterna av arbetet och tillbringa tid både i Landreh- och Elofsson-labbet. Studenten kommer aktivt vara involverad i att bygga interdisciplinära samarbeten och uppmanas att utveckla egna forskningsidéer som ger ytterligare perspektiv.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom biofysik, biokemi, bioteknik eller ett besläktat ämne, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Den framgångsrika sökanden har en gedigen bakgrund inom biofysik, biokemi, bioteknik eller ett besläktat område samt är intresserad av molekylär eller strukturell biologi. Praktisk erfarenhet av arbete med proteinuttryck och rening (kloningsmetoder, eukaryota eller prokaryota uttrycksvärdar, rening med kromatografi, biofysikalisk karakterisering) samt erfarenhet av biophysikalisk strukturanalys (helst kryo-elektronmikroskopi eller native masspektrometri) är avgörande. Dokumenterad erfarenhet av beräkningsmetoder är också en stark merit. God behärskning av engelska i tal och skrift är att föredra. Doktorandprojektet är en del av ett större projekt, och särskild vikt kommer därför att läggas på de interpersonella aspekterna, som teamarbete och kandidatens förmåga att interagera med forskare från olika discipliner och bakgrunder.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Michael Landreh, michael.landreh@icm.uu.se, +46-76-2925929

Välkommen med din ansökan senast den 24 November 2023, UFV-PA 2023/3957.