Doktorandplats till Dr. Xingqi Chens forskargrupp - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Projektbeskrivning: En doktorandtjänst är tillgänglig för högt motiverade personer med intresse för encellig biologi ansluter sig till enheten för molekylära verktyg vid Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Doktoranden skulle övervakas av Dr. Xingqi Chen. Forskning i detta projekt är att utveckla den senaste tekniken för enstaka celler och förstå beslutet om cellöden under mänsklig sjukdom. Det finns mer än tusentals celltyper i vår kropp, och varje celltyp spelar en avgörande roll i vår ämnesomsättning. Varje fel när det gäller att kontrollera cellfunktionen kan påverka våra friska. Samtidigt finns det stora heterogeniteter inom samma celltyp. I den solida tumören kommunicerar olika celltyper med varandra och bildar den unika tumörmikromiljön i ett tredimensionellt utrymme. Den rumsliga samordningen av cellen i tumörmikromiljön påverkar starkt dess öde och funktion. Således bestäms cellens öde i den fasta tumören inte bara av dess egna molekylära händelser i cellerna, utan det påverkas också av samspelet med dess grannceller och mikromiljö. För att förstå den molekylära mekanismen för tumörgenes och utforma bättre målterapier för den solida tumören måste vi dechiffrera de enstaka cellens rumsliga epigenetiska kartor över den solida tumörmikromiljön. Vi kommer att använda en ny strategi för att utveckla ny teknik och dechiffrera profilering av enkelcells rumslig kromatintillgänglighet i den fasta vävnaden. Så småningom kommer vi att skapa en användarvänlig verktygslåda och plattform för vetenskapssamhället för att förstå cellens öde beslut i grundläggande solid tumörforskning samt för användning i framtida klinisk diagnos.

Ytterligare information om forskargruppens profil finns att tillgå via:   http://igp.uu.se/research/molecular_tools/xingqi-chen/

Doktorandanställningen avser egna studier på heltid under maximalt 4 år. Innehavare av doktorandanställning ska främst ägna sig åt egen utbildning på forskarnivå men övrigt arbete såsom  utbildning av studenter och administrativt arbete kan ingå med högst 20 procent av anställningen. Anställningen kommer att förlängas med undervisningstiden för att möjliggöra fyra år av heltidsstudier på forskarnivå.

Kvalifikationer: Sökanden ska ha en civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik eller liknande. Starka fördelar skulle vara erfarenhet av RNA-seq-data mining, funktionell genomik, Linux-terminalprogrammering, R- och Python-programmering och god kunskap om matematik, biologi och datavetenskap. Grundkunskap om neurobiologi är plus. Mycket stark förtjänst skulle vara bra rekord i huvudförfattare eller medförfattare publicering i funktionell genomik. Utmärkta färdigheter i muntlig och skriftlig engelska krävs.

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till utbildning på forskarnivå  där graden av förmåga att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå är avgörande. Information om forskarutbildningen, ansökningsförfarande och regler för antagning finns tillgängligt via http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/vill_du_borja/

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av:  Dr. Xingqi Chen, email: xingqi.chen@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 3 november 2020, UFV-PA 2020/3527.