Forskare i beräkningsbiokemi

Forskare i beräkningsbiokemi

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen möjlighet att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi inom livsvetenskaperna på vår hemsida. 

Vi erbjuder en stimulerande, vänlig och tvärvetenskaplig arbetsmiljö, med utmärkta arbetsvillkor och spetsforskningsprojekt inom beräkningsbiokemi samt möjlighet att bidra med och utveckla dina idéer. Vi arbetar i internationella team och flexibla arbetstider och alternativ för hemmakontor.

Dessutom kommer kandidaten att vara involverad i ett EU-projekt, iSenseDNA, finansierat inom ramen för EIC-pathfinder Open of Horizon Europe.

Projektbeskrivning
Tillsammans med det internationella och multidisciplinära teamet av forskare, syftar iSenseDNA till att utveckla DNA-nanotransduktorer, genom att utnyttja aktiviteten hos konstruerade topoisomeraser. De skräddarsydda DNA-nanotransduktorerna kommer att användas för både detektion och konformationsanalys av molekylär dynamik i en funktionell enhet. iSenseDNA kommer att använda beräkningsmetoder för att förutsäga 3D-strukturen av konformationstillstånd och modellera utvecklingen i realtid av interagerande DNA-NT och proteiner, och maskininlärningsmodeller (ML) för att länka den atomstrukturer, konformationstillstånd och molekyldynamik, tillsammans med optiska utläsning av protein-DNA-NT-interaktioner med hjälp av linjära och "On-chip" icke-linjära spektroskopier i realtid. Gruppen vid Uppsala universitet, med expertis inom enzymevolution och samband mellan biomolekylers struktur-funktion-dynamik, fokuserar på beräkningsmodellering av topoisomeraser för att utveckla en "nästa generations klass av enzymer" i syfte att producera en skräddarsydd DNA-NT och kunna studera dynamiken hos interaktionsproteiner-DNA-NT.

Forskningen sker genom användning av ett brett utbud av beräkningstekniker, exempelvis simuleringar av molekyldynamik och fri-energi beräkningar.

Mer information om projektet kommer att lämnas på begäran.

Arbetsuppgifter
Arbetet inom anställningen involverar beräkningsintegrering av simulerings- och experimentaldata genom användning av en rad molekylära simuleringsverktyg, inklusive både konventionella och förbättrade molekylära dynamiksimuleringar, empiriska valensbindningar och QM/MM-simuleringar, fri-energi beräkningar för att föreslå en eller flera punktmutationer, samt bioinformatiska verktyg för strukturell förutsägelse. Det kommer också att innehålla resor till konferenser och projektmöten med samarbetspartners samt deltagande i uppsökande projektaktiviteter. Du förväntas att ta ansvar för genomförandet av ditt projekt och att bidra kreativt till vårt teams forskningsprogram.

• Kvalifikationskrav
  För att kvalificera sig för en anställning som forskare måste du ha en doktorsexamen eller en utländsk examen motsvarande en doktorsexamen i STEM eller en utländsk examen motsvarande en doktorsexamen i STEM. Examen ska vara avlagd vid tidpunkten för anställningsbeslut. Ytterligare arbetserfarenhet inom området proteinteknik och förutsägelse av biomolekylers 3D-strukturer anses vara avgörande för rollen.
• Dessutom lägger vi stor vikt vid personliga egenskaper som kreativitet, entusiasm och flexibilitet samt positiv inställning till att arbeta i team. Den sökande kommer att ansvara för en del av ett stort och utmanande projekt och det krävs förmåga att arbeta självständigt och ta ansvar.
• Kandidater måste kunna uttrycka sig mycket väl i tal och skrift på engelska.

Meriterande
Erfarenhet av
(1) modellering av enzymreaktionsmekanismer och/eller enzymfunktion-dynamiska relationer, i samband med att förstå enzymutveckling eller för biokatalytiska tillämpningar, och modellering av protein-DNA-interaktioner 
(2) att använda förbättrade provtagningsmetoder (såsom replikatutbyte eller metadynamik) vid studier av biomolekylära system, särskilt för studier av konformationsdynamikens roll i enzymteknologi eller dess evolution.

Observera att vikt inte bara kommer att läggas vid  övergripande vetenskapliga prestationer, utan också vetenskapliga prestationer i förhållande till karriärstadiet och år av forskningserfarenhet.

Alla kvalifikationskrav kommer att bedömas genom intervju, samt personliga referenser.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad till 12 månader. Omfattning är 100%. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Prof. Mikael Widersten och Dr Antonietta Parracino E-post: antonietta.parracino@kemi.uu.se, Telefon: +4670-01679430, +4618-471 5697.
E-post: Mikael.Widersten@kemi.uu.se, Telefon: +460736951863 +46018471 4992

Välkommen med din ansökan senast den 7 Januari 2026, UFV-PA 2025/4050.